С цивилизацией инков связано сегодня множество неразгаданных тайн, считается, что инки обладали тайными знаниями, недоступными для других народов их времени. Так, если представить план города Куско, то он напоминает по форме пуму, а храмовый комплекс Саксайуаман является как бы зубами животного. Здесь уже возникает первый вопрос, как инки могли так строить и расширять город, будто могли наблюдать его с высоты.
Возвращаясь к древнему комплексу, согласно преданиям, инки начали строить город Куско именно у подножия и на склонах холма Саксайуаман. Начал строительство десятый инка — Тупак Инка Юпанки, правивший в 1471-1493 годах. Строительство комплекса прекратилось в 1493-1525 годах, когда полному завершению цитадели помешал период гражданских войн.
Сторону крепости, которая была обращена к городу, инкам не пришлось особо укреплять, так как она была достаточно крутой. На противоположном пологом склоне были построены три главные зубчатые стены в виде террас. Самая длинная из них тянется 400 м и имеет высоту в 6 м. Стены имеют парапеты, за которыми когда-то прятались воины, а также несколько входов, которые закрывались подъемными камнями.
Комплекс Саксайуаман включает не только крепостные стены. На вершине холма располагался комплекс зданий, в том числе три башни. Первая из них, Круглая крепость, принадлежала Инке и его придворным. Диаметр у основания этой башни составлял около 23 м. Когда-то стены Круглой крепости покрывало золото и серебряные изображения животных и растений. В башне Инки имелись все удобства, как и в других дворцах города. Здесь даже находилась цистерна с чистой водой, которая по подземным водотокам соединялась с дальним обильным источником.
Две остальные башни были меньшими по размеру и имели прямоугольную форму. Они были многоэтажными и в них размещались избранные инки-солдаты гарнизона, сменявшие друг друга. Подвалы этих башен соединялись друг с другом системой тоннелей. В целом же размер комплекса был настолько огромным (около 3 тысяч гектаров), что при необходимости в нем могли спрятаться все жители города. Крепость использовалась по прямому назначению во времена испанского завоевания. В итоге испанцы превратили крепость в каменоломню, внутренние постройки были почти полностью разобраны, как и часть крепостных стен.
Однако объектом Всемирного наследия ЮНЕСКО крепость Саксайуаман стала во многом и благодаря необычной кладке, которую можно увидеть на сохранившихся стенах и частях построек. Каменные стены цитадели были построены из уникально обработанных камней с ровными прямыми гранями без применения цемента или другого раствора. При этом камни не идеальной квадратной или прямоугольной, а многоугольной формы, один не похож на другой, но при этом они так идеально подогнаны под размеры друг друга, что между ними нет ни единого зазора.
Именно эта многоугольная кладка и является одной из загадок инкских зодчих. Сделать такую кладку, как объясняют современные исследователи, в десятки раз сложнее, чем кладку с блоками правильной формы, даже используя при этом расчеты самых профессиональных инженеров и самое современное оборудование.
Ученые до сих пор не знают, какими инструментами пользовались инки, не знавшие колеса или стали, для такой ровной нарезки валунов, и высказывают даже диковинные версии о резке камней ультразвуком, технологией, которой вполне могла владеть та развитая працивилизация. Что уже говорить и о методах доставки огромных глыб, вес которых достигает нескольких сотен тонн, из каменоломни по пересеченной горной местности к месту строительства.