Осенью 1961 года Майкл Рокфеллер и голландский этнограф Рене Вассинг отправились в экспедицию в Океанию в надежде собрать уникальную коллекцию артефактов для музея. Наняв двух местных проводников, они ездили от селения к селению и выменивали у аборигенов предметы быта и искусства в обмен на стальные крючки и топоры. Среди прочих артефактов Рокфеллер и Вассинг скупали у местных разукрашенные человеческие черепа. Позже эта коллекция станет украшением музея первобытного искусства в Нью-Йорке.
Молодые исследователи решили посетить отдаленное селение асматов — местного племени каннибалов, которые верили, что душа человека переходит тому, что его убьет и съест. Местный шаман якобы даже предсказал Рокфеллеру близкую смерть. Однако исследователи отправились в путь по широкой реке с довольно сильными волнами на самодельном катамаране папуасов, к которому они прикрепили мотор. Когда до берега оставалось около трех километром, мотор заглох.
Исследователи отправили своих двух проводников на помощь, однако те заблудились в джунглях и были найдены спустя несколько дней. Затем катамаран перевернуло большой волной, и исследователи разделились. Майкл поплыл к берегу, а Рене остался у лодки. Через несколько часов над этим местом пролетал голландский военный гидросамолет и увидел Вассинга. Вскоре его подобрала шхуна, а после его рассказа начались длительные поиски Рокфеллера.
Нельсон Рокфеллер бросил все силы на поиски пропавшего сына, были обследованы леса и дно реки, опрошены местные аборигены. Но никаких следов Майкла обнаружить так и не удалось. Это загадочное исчезновение породило множество слухов и версий, одна невероятней другой. Сначала предполагалось, что Майкл утонул, однако он был отличным пловцом. Многие считали, что наследного миллионера, благополучно добравшегося до берега, убили и съели асматы. Эту версию выдвинул христианский миссионер Ян Смит, работавший неподалеку от того места. Он утверждал, что видел одежду и даже кости Майкла. Миссионер Биллем Хекман говорил, что аборигены рассказали ему о некоем убитом белом человеке и о его черепе с «железными глазами» (Майкл постоянно носил очки). Якобы, этому человеку была оказана большая честь быть съеденным. Но этот череп, конечно же, не удалось найти.
Здесь важно отметить, что понятие каннибализма среди племен аборигенов появилось в результате междоусобных войн. Папуасы среди отрицательных качеств всегда приписывали своим врагам и людоедство. Поэтому хоть и были известны некоторые отдаленные горные племена, которые практиковали каннибализм, относить это понятие ко всем местным племенам было бы неправильно. Кроме того, многие натуралисты и этнографы впоследствии утверждали, что местные аборигены отличаются большой дружественностью по отношению к белым людям. Несмотря на все это, даже полвека спустя исчезновение Майкла Рокфеллера так и остается загадкой.