В 1500 году португальский мореплаватель и исследователь Педро Альварес Кабрал доплыл до Бразилии и объявил новую местность колонией Португалии. Первой целью новоприбывших португальцев стало подчинение местного населения и использование его в качестве рабской силы. Но индейцы, населявшие Бразилию, умирали в неволе и часто убегали. Поэтому португальцы решили завезти в колонию африканских рабов. За 350 лет рабства из Африки в Бразилию было завезено около 3,5 млн человек.
Но и африканские рабы часто убегали от владельцев плантаций и основывали поселения, которые носили название «киломбу». Капоэйра зародилась именно в одном из таких поселений беглых рабов, в самом крупном из них, которое стало целым государством — Киломбу Палмарис. Из-за отсутствия какого-либо оружия африканцы придумали новое боевое искусство, которое они маскировали под танец. Таким образом они могли тренироваться прямо под носом у рабовладельцев. Капоэйра стала также своеобразным симбиозом африканской и индейской культуры. По некоторым сведениям, капоэйра произошла от ритуального африканского боевого танца «нголо», который был атрибутом обряда инициации в некоторых районах Анголы.
После отмены рабства и подписания Золотого закона в 1888 году капоэйра стала символом национальной сплоченности для африканцев. Кроме того, капоэйристы собирались в группы, и возникали настоящие группировки бойцов, которые терроризировали местное население. В 1892 году первая конституция Бразильской республики даже запретила капоэйру.
Капоэйра была искусством, которое тщательно скрывали от посторонних. Встречи мастеров зачастую проходили в секретных местах. Капоэйристы таким образом поддерживали древнейшие традиции, развивая как физический, так и философский аспект этого искусства. Одна из древних традиций сохранилась и по сей день: капоэйристы при обряде посвящения получают второе имя, которое они используют только в мире капоэйры.
Капоэйра как бразильский национальный вид спорта распространилась во времена правления президента Гетулио Варгаса. В 1932 году в Сальвадоре (штат Баия, Бразилия) была создана первая академия капоэйры по руководством мастера Бимба.
