Официально история ВМС Украины берет свое начало во времена существования Украинской Народной Республики. Но еще в XVI-XVIII веках в стране действовал своеобразный военный флот из «чаек» запорожских казаков. Чайки вмещали по 50-70 человек, не имели палуб, оснащались легкими пушками в количестве до 10 штук.
На своих чайках казаки быстро и неожиданно нападали на врагов и столь же быстро отступали. В основном казацкий флот был иррегулярным, на чайках казаки совершали походы по Днепру и в Черном море, доплывая иногда вплоть до Босфора. Наиболее активным был казацкий флот в XVII веке, а затем его значение постепенно снижалось.
Когда Запорожская Сечь была разрушена, а часть казаков поступила на русскую регулярную воинскую службу, отдельно выделялась в составе Черноморского казацкого войска Черноморская казачья флотилия, которая сыграла большую роль в русско-турецких войнах того периода.
После Октябрьской революции 1917 года и установления власти большевиков в бывшей Российской империи Украина оказалась втянута в кровопролитную гражданскую войну. В 1919 году был создан Красный флот УНСР, в состав которого вошли корабли, которые остались на плаву после отхода войск Антанты и Белой армии. Правда, все они были серьезно повреждены и требовали ремонта.
На судостроительных верфях Николаева тем временем оставались недостроенными линкор, к рейсеры, миноносцы, подводные лодки и десантные корабли. Все суда планировалось достроить, а также советское командование хотело пополнить флот и новыми кораблями, но планам не суждено было сбыться – войска Деникина вновь заняли юг и все корабли перешли в состав ВСЮР.
Кроме того, в конце июля — начале августа 1919 года военно-морские структуры Украинской ССР в рамках объединения были переданы в состав военно-морского флота РСФСР. В результате в качестве самостоятельного вида национальных вооруженных сил украинские ВМС того времени просуществовали всего несколько месяцев, после чего вплоть до распада СССР речи об отдельном украинском флоте уже не шло.
Когда в 1991 году была провозглашена независимость Украины, Военно-морские силы Украины были созданы на базе Черноморского флота СССР. В течение нескольких последующих лет происходил раздел Черноморского флота между Россией и Украиной, а после его завершения начался современный этап в истории формирования ВМС Украины.
В рамках раздела Черноморского флота Украине были переданы 43 боевых корабля, 132 единицы судов и катеров, 12 самолетов, 30 вертолетов, 227 береговых объектов, а также значительное количество иного военного имущества. До 2014 года, когда Крым был присоединен к России, что не признается ныне мировым сообществом, Украина тесно сотрудничала с РФ в Черном море.
После присоединения Крыма к России большей части судов ВМСУ, базировавшихся в Крыму, Украина лишилась.
Первым праздником украинских моряков после обретения страной независимости стал День работников морского и речного флота, установленный в июне 1993 года первым президентом Украины Леонидом Кравчуком. В 2006 году президент Виктор Ющенко издал новый указ, в котором в отдельную дату был выделен День Военно-морских сил Вооруженных сил Украины (День ВМС).
В 2008 году был издан новый указ, отменивший два предыдущих. Был установлен новый праздник — День флота Украины. Таким образом, военный и гражданский флот снова получили общий профессиональный праздник. В качестве даты празднования было выбрано первое воскресенье июля.
В 2011 году президент Виктор Янукович перенес празднование Дня флота на последнее воскресенье июля. Праздник стал совпадать с Днем Военно-Морского Флота Российской Федерации.
Наконец, в 2015 году президент Петр Порошенко снова разделил два праздника - появились отдельно День ВМС и День работников морского и речного флота. Но при этом оба праздника отмечаются в первое воскресенье июля.
В их профессиональный праздник наиболее отличившихся украинских моряков награждают благодарностями командования, памятными подарками, правительственными грамотами и государственными наградами. Также к нему нередко бывает приурочено присвоение внеочередных воинских званий служащим ВМС Украины.