В советское время единственным на территории Средней Азии таможенным пунктом пропуска, который осуществлял контроль за перемещением товаров через таможенную границу СССР, был Термезский таможенный пост в Узбекистане, а в Таджикской ССР собственных таможенных органов не было.
Ситуация изменилась в 1987 году, когда в Нижнем Пяндже был создан оперативный отдел таможенного контроля. Он находился в административном подчинении у Термезской таможни, однако непосредственное руководство отделом осуществляло Главное государственное таможенное управление при Совете Министров СССР.
В мае 1989 года правительство Таджикской ССР приняло решение о формировании Таджикской республиканской таможни. А после распада СССР и провозглашения независимости Таджикистана она была преобразована в Главное управление таможенного контроля при Кабинете министров Таджикистана, официально созданное 22 января 1992 года. В том же году в стране были приняты таможенный кодекс и закон «О таможенном тарифе».
Впоследствии ведомство подверглось еще нескольким трансформациям: в 1993 году его преобразовали в Государственный таможенный комитет Республики Таджикистан, в 1994 — в Таможенный комитет при правительстве Таджикистана, а сегодня оно носит название Таможенная служба при правительстве Республики Таджикистан. Руководит ведомством начальник Таможенной службы, у которого есть три заместителя, каждый из которых курирует конкретные отделы и управления.
Деятельность Таможенной службы Таджикистана регулируется таможенным кодексом, соответствующими разделами уголовно-процессуального и налогового кодексов, а также целым рядом законов, подзаконных и нормативных актов. Текущая версия таможенного кодекса была принята в 2004 году, но с момента принятия в нее, естественно, неоднократно вносились поправки.
Главная задача Таможенной службы — регулирование внешнеэкономической деятельности Таджикистана. В ее функции также входят борьба с нарушениями таможенных правил, контрабандой, незаконным обращением наркотических средств и вывозом предметов культурного и исторического достояния, контроль вывоза важных стратегических товаров и другие задачи.
День работников органов таможни в Таджикистане был учрежден законом Республики Таджикистан «О праздничных днях». В этот день новые сотрудники Таможенной службы Таджикистана официально вступают ряды ведомства, принося торжественную присягу. Кроме того, в честь профессионального праздника таможенников проводятся церемонии награждения наиболее отличившихся сотрудников ведомственными наградами и другие праздничные мероприятия.
Интересно, что всего через четыре дня после Дня работников органов таможни в Таджикистане отмечается Международный день таможенника, учрежденный в память о создании Совета таможенного сотрудничества, впоследствии преобразованного во Всемирную таможенную организацию.