Первым вооруженным конфликтом, в котором приняли участие основанные 9 апреля 1946 года ВВС Индонезии, стала Война за независимость Индонезии. В июле 1947 года группа индонезийских националистов получила задание доставить медицинские принадлежности, пожертвованные Малайским Красным Крестом, из Малайи в Джокьякарту, которая в период Индонезийской революции была столицей станы. Рейс одобрили британские и нидерландские вооруженные силы, гарантировав его безопасность.
На борту самолета Douglas C-47 Skytrain («Дакота»), который революционное правительство Индонезии зафрахтовало у индийского бизнесмена, было девять человек — трое членов экипажа, в том числе австралийский пилот Александр Ноэль Константин, и шестеро пассажиров.
Вскоре после того как самолет покинул Сингапур, индонезийские ВВС начали бомбардировку нидерландских укреплений в Семаранге, Салатиге и Амбараве. В ответ два истребителя Curtiss P-40 Warhawk нидерландских ВВС сбили приближавшийся к Джокьякарте самолет «Дакота» с медицинскими принадлежностями, уже выпустивший шасси для приземления.
Из девяти человек, наложившихся на борту, семеро погибли при ударе о землю. В их числе был Агустин Адисудьипто, первый индонезийский пилот и основатель индонезийских ВВС. В живых остались жена пилота Берил Константин и революционер Абдулгани Хандонотйокро, которых немедленно транспортировали в больницу, где Берил все-таки скончалась от травм.
Сразу после инцидента нидерландское командование отрицало свою причастность, утверждая, что самолет просто в что-то врезался. Однако обследование тела одного из погибших подтвердило, что он был застрелен. После этого нидерландская сторона заявила, что ее не поставили в известность о рейсе, а на самолете отсутствовала маркировка Красного Креста.
После этого вмешалась Индия, поскольку сбитый самолет принадлежал Биджу Патнаику — видному индийскому политическому и государственному деятелю, а также основателю и владельцу авиакомпании Kalinga Airlines. Правительство Нидерландов отправило в Индию новый самолет Douglas C-47 Skytrain и выплатило денежную компенсацию, фактически признав свою вину.
В 1948 году неподалеку от места крушения был открыт памятник погибшим в авиакатастрофе, а в 1974 году правительство Индонезии провозгласило двух погибших революционеров, Агустина Адисудьипто и Абдулрахмана Салеха, Национальными героями. С 1979 года годовщина авиакатастрофы отмечается в ВВС Индонезии как День памяти (Hari Bakti).
На сегодняшний день личный состав ВВС Индонезии насчитывает почти 38 тысяч человек, а флот — более 220 боевых и вспомогательных самолетов. Кроме Индонезийской революции они принимали участие в подавлении местных восстаний, а также в операциях «Трикора» и «Лотос» (захвате Нидерландской Новой Гвинеи и Восточного Тимора, соответственно) и борьбе с террористической группировкой «Моджахеды Восточной Индонезии».