Грегорио Аглипай родился 5 мая 1860 года в Батаке, провинция Северный Илокос. Он осиротел в раннем возрасте и воспитывался родственниками, работавшими на табачных полях. Уже в детстве Аглипай на собственном опыте испытал эксплуатацию сельскохозяйственных рабочих испанской колониальной администрацией: в возрасте 14 лет его арестовали за невыполнение квоты по сбору табака во время работы в поле.
В 1876 году Аглипай благодаря финансовой помощи своего дяди переехал в Манилу, чтобы изучать право — сначала в частном порядке у юриста Хуана Карпио, а затем в Коллегиуме Сан-Хуан-де-Летран и Университете Санто-Томас. Именно в Университете Санто-Томас Аглипай познакомился с Хосе Рисалем, ставшим впоследствии одним из ключевых участников филиппинского движения за реформы.
Аглипай так и не получил диплом юриста; вместо этого он в 1883 году поступил в римско-католическую семинарию в Вигане и через шесть лет был рукоположен в сан священника. Он служил помощником священника в различных приходах на Лусоне, незаметно помогая революционерам. В 1898 году Аглипай стал членом Революционного конгресса, где представлял Северный Илокос, а также был единственным представителем духовенства.
Когда началась Филиппино-американская война, Аглипай присоединился к революционным силам и получил звание генерал-лейтенанта. Через несколько месяцев архиепископ Манилы отлучил его от церкви за поддержку революции. Когда Филиппины проиграли войну, Аглипай был одним из последних филиппинских генералов, сдавшихся американцам после захвата в плен Эмилио Агинальдо.
После окончания войны активист Исабело де лос Рейос предложил создать националистическую церковь, которая была бы свободна от влияния испанских монахов и независима от Святого престола. Он предложил Аглипаю стать первым главным епископом новой церкви. Поначалу Аглипай не хотел соглашаться на предложение, поскольку был против церковного раскола, но в конце концов передумал. Он был официально назначен первым верховным епископом (Obispo Maximo) Независимой филиппинской церкви (Iglesia Filipina Independiente) 6 сентября 1902 года и отслужил свою первую мессу 26 октября.
В 1935 году Аглипай участвовал в президентских выборах в качестве кандидата от Республиканской партии, став первым в истории Филиппин религиозным лидером, баллотировавшимся в президенты. Он проиграл выборы Мануэлю Кесону, но принял поражение с достоинством и поздравил нового президента. Аглипай оставался верховным епископом Независимой филиппинской церкви, прозванной в его честь Аглипайской, до самой своей смерти в 1940 году.
Чтобы отметить вклад Грегорио Аглипая в дело революции и почтить его память, в 1989 году годовщину его смерти объявили специальным нерабочим праздничным днем в его родном городе Батак. С тех пор День Грегорио Л. Аглипая отмечается в Батаке ежегодно 1 сентября.