Аполинарио Мабини родился 23 июля 1864 года в Тануане, провинция Батангас. Его отец был неграмотным крестьянином, а мать торговала на местном рынке; Аполинарио был вторым из восьми детей. Несмотря на бедность семьи, Мабини смог получить образование в соседнем муниципалитете Липа в школе, основанной отцом Валерио Малабананом, которая принимала учеников на основе их способностей, а не платежеспособности их родителей. Во время учебы в Липе Мабини познакомился с будущим революционером Мигелем Мальваром.
Окончив школу, Мабини получил стипендию от Colegio de San Juan de Letran, где он выбрал изучение права из-за своего желания защищать бедных. Мабини потребовалось шесть лет, чтобы получить степень бакалавра, поскольку его обучение периодически прерывалось из-за нехватки средств. В 1888 году он был принят в Университет Санто-Томас в Маниле, который он окончил со степенью юриста в 1894 году.
В 1894 году Мабини вступил в тайное общество La Liga Filipina, основанное Хосе Рисалем, которое возрождалось после ареста Рисаля. Позже Мабини стал секретарем организации. Он был одним из консервативных членов La Liga, которые выступали за поддержку La Solaridad , патриотической организации, которая стремилась добиться политических и социальных изменений посредством мирных реформ, а не революции. В 1895 году Мабини заболел полиомиелитом, который в конечном итоге сделал его парализованным.
Несмотря на то, что Мабини не был ярым сторонником вооруженного сопротивления, он был арестован вместе со многими другими членами La Liga Filipina, когда в августе 1896 года началась Филиппинская революция. Однако испанские власти освободили его, поняв, что он парализован. Мабини отправили в больницу, и он провел следующие пару лет в поисках лечения.
В период выздоровления Мабини написал две основные работы, El Verdadero Decálogo («Истинный Декалог») и Ordenanzas de la Revolucion («Правила Революции»), которые произвели впечатление на революционного лидера Эмилио Агинальдо. В 1898 году Агинальдо послал за Мабини, попросив его стать советником по революционному делу.
Работая с Агинальдо, Мабини составил различные указы и отредактировал конституцию Первой Филиппинской Республики, известную как Политическая конституция 1899 года или Конституция Малолоса. После обнародования конституции 21 января 1899 года Мабини был назначен первым премьер-министром Филиппин. Он также занимал пост министра иностранных дел страны.
Вскоре после начала Филиппино-американской войны Мабини попытался договориться с Соединенными Штатами о перемирии. Однако переговоры провалились, поэтому Мабини ушел из правительства 7 мая 1899 года и полностью поддержал войну. Американские войска захватили Мабини в декабре 1899 года и заключили его в тюрьму, несмотря на его плохое здоровье. Когда Мабини отказался присягнуть на верность Соединенным Штатам, он был сослан на Гуам.
Когда Филиппины проиграли войну, Мабини согласился принять присягу на верность и вернулся из изгнания в феврале 1903 года. Вскоре после возвращения он заболел холерой и умер 13 мая 1903 года. На похоронах Мабини присутствовало около 8000 человек.