Пагадиан — город первого класса в филиппинской провинции Южная Замбоанга. Это второй по величине город провинции и полуострова Замбоанга, столица провинции Южная Замбоанга и региональный центр полуострова Замбоанга.
Первыми жителями этого района были племена субанон, уроженцы полуострова Замбоанга. Позже пришли племена иранун и магинданао, которые обратили многих местных жителей в ислам. Те, кто отказался принять новую религию, в конце концов перебрались в высокогорье и поселились там. Территориальные границы Пагадиана были впервые установлены дату (вождем) Макаумбангом.
Когда испанцы прибыли в этот регион, они не были особенно заинтересованы в поселении в Пагадиане или его окрестностях из-за его холмистой местности. Поселение в основном служило остановкой для торговцев, путешествующих из испанского форта Замбоанга (ныне город Замбоанга) в другие крупные города на севере провинции Замбоанга. Первые христианские поселенцы начали прибывать в Пагадиан в начале ХХ века, в основном из Себу.
В 1927 году Пагадиан стал районом муниципалитета Лабанган. Десять лет спустя он стал самостоятельным муниципалитетом. Во время Второй мировой войны Пагадиан вместе с остальной частью Филиппин был оккупирован Японской империей. Он был освобожден объединенными американскими и филиппинскими войсками в 1945 году после неудавшейся попытки освобождения в ноябре 1944 года.
В 1952 году провинция Замбоанга была разделена на две новые провинции: Северная Замбоанга и Южная Замбоанга. Муниципалитет Пагадиан был назначен столицей провинции Южная Замбоанга. 21 июня 1969 года Пагадиану был присвоен статус города, что сделало его третьим городом на Западном Минданао после Замбоанги и Дапитана.
В 1976 году Пагадиан пострадал от землетрясения и цунами Моро-Гюль, в результате чего погибло большое количество людей и был нанесен значительный ущерб. Это был один из городов в этом районе, пострадавших как от землетрясения, так и от цунами. В последующие годы он был перестроен и превратился в один из крупнейших городов полуострова Замбоанга.
В октябре 1990 года президент Корасон Акино назначил Пагадиан региональным центром полуострова Замбоанга (Регион IX). Однако его решение было оспорено городом Замбоанга, бывшим региональным центром, и только в 2004 году Пагадиан официально стал региональным центром. В 2021 году президент Родриго Дутерте подписал указ о признании Пагадиана высокоурбанизированным городом.
Будучи региональным центром, Пагадиан имеет разнообразную экономику, включающую производство сырья, такого как маниока и морские водоросли, мелкое производство мебели и предметов декора, традиционные ремесла, рыболовство, горнодобывающую промышленность (медь, золото и молибден), сектор услуг и туризм.