Историю военно-морского флота на Филиппинах можно проследить до доколониальных времен: древние коренные народы использовали несколько типов традиционных лодок для путешествий, торговли, связи, пиратства и ведения войны до прибытия испанцев на архипелаг. Например, есть записи о том, что жители Лусонеса служили наемниками в исламских флотах. После прибытия европейцев местные жители участвовали в ряде морских сражений с колонизаторами; одним из таких сражений была битва при Бангкусае 1571 года.
В испанский период ВМС Испании полностью отвечали за защиту архипелага, ведение морской полиции и обеспечение военно-морской логистики. К XIX веку экипажи многих кораблей состояли из смешанного испанского и филиппинского персонала, существовали даже полностью филиппинские добровольческие батальоны. Однако большинство военно-морских офицеров были испанцами.
Когда в 1896 году разразилась Филиппинская революция, филиппинцы, служащие в Королевском флоте Испании, подняли мятеж и присягнули на верность Филиппинам. Принятие Конституции Биак-на-Бато 1897 года официально предусматривало создание ВМС Филиппин. Филиппины получили свой первый корабль — трофейное испанское судно, полученное от Соединенных Штатов Америки 1 мая 1898 года.
Революционный флот был официально основан 20 мая 1898 года генералом Эмилио Агинальдо. Это был небольшой флот, состоявший из восьми трофейных испанских паровых катеров, переоборудованных 90-мм орудиями. Позже флот был пополнен другими судами за счет дарения пяти торговых судов и приобретения грузового парохода Compañía de Filipinas у Compañía General de Tabacos de Filipinas, который был переименован в Filipinas и объявлен флагманом.
После начала филиппино-американской войны в 1899 году ВМС США начали конфисковывать суда под филиппинским флагом и ввели военно-морскую блокаду. Когда Филиппины проиграли войну и были оккупированы США, американская колониальная администрация создала Бюро береговой охраны и транспорта для поддержания мира и порядка в территориальных водах. В конце концов филиппинцам была предоставлена возможность поступить на службу в ВМС США.
Когда Япония атаковала Перл-Харбор, Соединенные Штаты вывели Азиатский флот, который обеспечивал военно-морскую защиту Филиппин, и небольшой морской патруль остался единственной защитой архипелага от японцев. Он помог эвакуировать правительственных чиновников из Манилы и проводил партизанские нападения во время японской оккупации Филиппин.
Морской патруль был официально возобновлен после освобождения Филиппин и в конечном итоге переименован в Филиппинский военно-морской патруль. В 1951 году президент Эльпидио Кирино официально переименовал Военно-морской патруль в ВМС Филиппин. С момента своего восстановления ВМС Филиппин участвовали в Корейской войне, войне во Вьетнаме, а также в нескольких внутренних конфликтах и территориальных спорах с соседними государствами.