Малайбалай — столица провинции Букиднон, не имеющей выхода к морю провинции в регионе Минданао на Филиппинах. Город расположен на высоте около 600 м над уровнем моря и окружен горами и густым лесом. Благодаря своему уникальному расположению погода на Малайбалае удивительно прохладная даже в самые жаркие месяцы года. Из-за этого его прозвали «Городом в лесу» и «Южной летней столицей Филиппин».
Самое раннее поселение в этом районе было основано хигаононами — этнической группой народа Лумад, родного Минданао. Когда испанцы прибыли в регион в XVIII веке, они увидели несколько процветающих поселений вдоль реки Таголоан. В 1815 году испанцы создали провинцию Мисамис, в которую входила территория современного Малайбалая.
Хотя испанцы и местные жители сосуществовали в относительном мире, имели место некоторые стычки с колониальной администрацией. Одна из этих стычек привела к сожжению деревни Каласунгай в 1850 году. Группа выживших во главе с Дату (вождем) Мампаалонгом основала новое поселение недалеко от реки Сакуб и назвала его Малайбалай. В 1877 году они достигли соглашения с испанской администрацией, и Малайбалай был включен в состав города Севилья (ныне Майлаг), став районом, управляемым кабеса де барангай.
После поражения Филиппин в филиппино-американской войне новая американская администрация разделила Мисамис на две новые провинции - Восточный и Западный Мисамис. Майлаг (и, как следствие, Малайбалай) стал частью Восточного Мисамиса. В 1907 году Букиндон был создан как субпровинция, Малайбалай официально стал муниципалитетом, а Майлаг стал одним из его баррио. Когда в 1917 году Букиндон стал полноценной провинцией, столицей провинции был назначен Малайбалай.
На протяжении большей части Второй мировой войны Букиндон был оккупирован Японией вместе с остальной частью Филиппин. Пока Малайбалай был оккупирован, поблизости действовало несколько партизанских групп, совершавших частые набеги на японские лагеря. Город был освобожден в 1945 году союзными войсками совместно с филиппинскими партизанами.
После войны Малайбалай продолжал расти, и в период с 1960-х по 1980-е годы на территории некоторых его районов было создано несколько новых муниципалитетов. В их число входили Сан-Фернандо, Валенсия, Лантапан и Кабангласан. В марте 1996 года местный законодательный орган Малайбалая обратился в Палату представителей с просьбой предоставить Малайбалаю статус города.
Петиция была удовлетворена, и 22 марта 1998 года президент Фидель Рамос подписал закон, превращающий Малайбалай из муниципалитета в составной город (component city). Годовщина этого события теперь отмечается как День Хартии города Малайбалай. Обычно это особый нерабочий праздник в этом городе, хотя бывали годы, когда он был рабочим.