Замбоанга-Сибугай — одна из трех провинций полуострова Замбоанга (часть острова Минданао), две другие — Южная Замбоанга и Северная Замбоанга. Первое испанское поселение на полуострове было основано в 1569 году; он быстро стал крупным испанским оплотом на Минданао. Провинция Замбоанга, названная в честь города Замбоанга и сосредоточенная вокруг него, сыграла важную роль в конфликте между испанскими конкистадорами и народом моро на Минданао.
После окончания филиппино-американской войны и уступки Филиппин Соединенным Штатам в соответствии с Парижским договором 1898 года генерал Висенте Альварес и Революционные силы Замбоангеньо основали недолговечную Республику Замбоанга. Альварес официально провозгласил независимость Замбоанги от Испании 28 мая 1899 года. Революционеры фактически контролировали город Замбоанга и требовали контроля над островами Минданао, Басилан и Сулу.
Республика Замбоанга была распущена в марте 1903 года, и американское колониальное правительство включило Замбоангу в провинцию Моро, в которую также входили регионы Котабато, Давао, Холо и Ланао. Город Замбоанга стал столицей вновь созданной провинции. В 1914 году провинция Моро была реорганизована в департамент Минданао и Сулу, состоящий из семи провинций Агусан, Букиднон, Котабато, Давао, Ланао, Сулу и Замбоанга. Департамент был распущен в 1920 году, и Замбоанга стала независимой провинцией.
Во время Второй мировой войны большая часть провинции была оккупирована японскими войсками. Полуостров Замбоанга был освобожден совместными американскими и филиппинскими войсками в 1945 году. В 1952 году провинция Замбоанга была разделена на Северную и Южную Замбоанги.
Первые попытки разделить Южную Замбоангу на две новые провинции были предприняты еще в 1960-х годах, но все законопроекты о разделе, внесенные в Конгресс Филиппин, остались бездейственными. Наконец, законопроект, предлагающий создание провинции Замбоанга-Сибугай на базе провинции Южная Замбоанга, представленный конгрессменом Джорджем Т. Хофером, был принят и подписан президентом Джозефом Эстрадой в 2000 году.
Для ратификации закона 22 февраля 2001 года был проведен плебисцит. Зарегистрированным избирателям в Южной Замбоанге и Пагадиан-Сити был задан вопрос, одобряют ли они или не одобряют создание Замбоанга-Сибугай. В плебисците приняли участие более 200 тысяч человек, а его результаты были объявлены 26 февраля: 70% избирателей одобрили создание третьей провинции на полуострове Замбуанга.
Ипил был назначен столицей недавно созданной провинции, а Джордж Т. Хофер был сначала назначен, а затем избран первым губернатором провинции. День провинции Замбоанга-Сибугай отмечается 24 февраля, между днем проведения плебисцита и днем объявления его результатов.