Мандалуйонг — один из 16 высокоурбанизированных городов, составляющих национальный столичный регион Филиппин (Метро Манила), наряду с городами Манила, Калоокан, Лас-Пиньяс, Макати, Малабон, Марикина, Мунтинлупа, Навотас, Параньяке, Пасай, Пасиг, Кесон-Сити, Сан-Хуан, Тагиг и Валенсуэла.
Историю Мандалуйонга можно проследить до прибытия испанских конкистадоров. То, что сейчас является городом с населением более 400 000 человек, раньше было баррио (районом) Санта-Ана-де-Сапа в провинции Тондо (ныне провинция Манила). Испанцы назвали его Сан-Фелипе Нери в честь святого Филиппа Нери, покровителя Рима.
Сан-Фелипе-Нери был отделен от Санта-Ана-де-Сапа в 1841 году и основал свой собственный приход в 1863 году. Под управлением конгрегации Дульчисимо Номбре де Хесус («Сладкое имя Иисуса») в городе были церковь, женский монастырь и школа.
В период американской колониальной эпохи Сан-Фелипе-Нери претерпел несколько реорганизаций. В 1901 году он стал частью провинции Ризал и получил статус первоклассного муниципалитета. Два года спустя он был объединен с муниципалитетом Сан-Хуан-дель-Монте. В 1904 году Сан-Фелипе Нери на несколько месяцев стал столицей Ризаля. В 1907 году Сан-Хуан был отделен от Сан-Фелипе-Нери, вернув себе статус независимого муниципалитета.
Свое нынешнее название, Мандалуйонг, Сан-Фелипе-Нери получил в 1931 году. Есть несколько возможных объяснений названия. Одна из самых популярных версий связана с легендой о двух несчастных влюбленных по имени Манда и Луйонг. Луйонг был воином, который влюбился в дочь вождя. Вождю не понравился Луйонг, и он отказался дать паре свое благословение, но Луйонг заслужил руку Манды, выиграв серию традиционных состязаний.
Во время японской оккупации Филиппин Мандалуйонг был включен в состав города Большая Манила. Союзники освободили Мандалуйонг от оккупации 9 февраля 1945 года. В последующие десятилетия муниципалитет претерпел значительное развитие и был официально включен в состав недавно созданного Метро Манилы в 1975 году. С 1984 по 1995 год у Мандалуйонга и Сан-Хуана был один представитель в Конгрессе.
9 февраля 1994 года, через 49 лет после освобождения от японской оккупации, Мандалуйонг был официально преобразован из муниципалитета в высокоурбанизированный город со своим собственным конгрессменом. Сегодня Мандалуйонг — один из важнейших деловых и финансовых центров Метро Манилы, в котором расположены штаб-квартиры Азиатского банка развития, BDO Unibank (Banco de Oro) и San Miguel Corporation.
В августе 2000 года 9 февраля было официально объявлено Днем освобождения и днем города Мандалуйонга, также известным как Годовщина города Мандалуйонга. Это праздник, отмечаемый на местном уровне, что означает, что он не отмечается за пределами Мандалуйонга.