Джеймс Ханнингтон родился 3 сентября 1847 года в Сассексе, Англия. До 13 лет он обучался на дому у репетитора, а затем провел два с половиной года в школе Темпл в Брайтоне, прежде чем оставить ее, чтобы работать на своего отца. В 17 лет Хэннингтон поступил в 1-й Сассекский артиллерийский добровольческий корпус, где дослужился до звания майора.
В 1867 году Ханнингтоны покинули Конгрегационалистскую церковь и присоединились к англиканской церкви. Когда Ханнингтону исполнился 21 год, он решил продолжить церковную карьеру и поступил в Оксфордский университет. В 1874 году он был рукоположен в диакона, а в 1875 году рукоположен в сан священника.
Семь лет спустя Ханнингтон вызвался на миссионерскую работу в Восточной Африке, узнав об убийстве двух миссионеров возле озера Виктория. Он отплыл на Занзибар в мае 1882 года, но был вынужден вернуться в Англию в 1883 году из-за лихорадки и дизентерии. После выздоровления Ханнингтон был рукоположен и посвящен в епископа для служения недавно основанному престолу Восточной Экваториальной Африки на территории нынешней Уганды, Кении и Танзании.
Он отправился в Африку во второй раз в январе 1885 года. Одним из главных приоритетов Ханнингтона после его прибытия было найти более короткую и легкую дорогу в королевство Буганда через королевство Бусога. Чего он не знал, так это того, что Кабака (король) Буганды Мванги II с подозрением относился к мотивам христианских миссионеров и считал их угрозой своему правлению. Когда Ханнингтон и его команда достигли озера Виктория 21 октября 1885 года, они были схвачены и заключены в тюрьму вождями Бусоги по приказу Мванги.
Носильщики Ханнингтона были убиты, проведя в плену восемь дней, а сам Ханнингтон был убит 29 октября 1885 года. Последними словами, которые он якобы произнес перед смертью, были: «Иди, скажи Мванде, что я купил дорогу в Уганду своей кровью». Старший советник Мванги Джозеф Мукаса Баликуддембе, католик, выступил против убийства Ханнингтона. Посчитав это признаком неуважения, Мванга приговорил Баликуддембе к смертной казни.
За казнями Ханнингтона и Баликуддембе последовали массовые гонения на христиан в королевстве Буганда. 23 англиканца и 22 католика, принявших христианство, были казнены по приказу Мванги в период с 1885 по 1887 год. Все они известны как «мученики Уганды». Ханнингтон также почитается как мученик в англиканской и епископальной церкви.
Ханнингтон был одним из первых англиканских миссионеров в Уганде, и его миссионерская деятельность помогла заложить фундамент, который дал начало второй по величине христианской конфессии в Уганде после католицизма. В честь его вклада и мученической кончины годовщина смерти Ханнингтона была объявлена государственным праздником в Уганде. День памяти епископа Джеймса Ханнингтона отмечен поминальными церемониями, церковными службами и другими памятными мероприятиями, проводимыми по всей стране.