История банковского дела в Индонезии восходит к середине XVIII века. Первый банк на индонезийском архипелаге, Bank van Courant (позже переименованный в De Bank van Courant en Bank Van Leening), был основан в 1746 году для поддержки торговли и предоставления ссуд сотрудникам Голландской Ост-Индской компании. Его пришлось закрыть в 1818 году из-за финансового кризиса в Голландской Ост-Индии.
В 1826 году король Нидерландов Вильгельм I разрешил основать новый частный банк в Голландской Ост-Индии. Банк Явы (De Javasche Bank) был основан в 1828 году. Это был банк-эмитент, который выпускал и регулировал нидерландско-индийский гульден. К 1930 году у банка было более 20 филиалов в Голландской Ост-Индии, дочерняя компания в Амстердаме и офис в Нью-Йорке.
Во время Второй мировой войны Голландская Ост-Индия была оккупирована Японией. Оккупационные власти закрыли все банки на Индонезийском архипелаге и заменили Банк Явы на Южный банк развития (Nanpo Kaihatsu Ginko), игравший роль центрального банка во время оккупации. Банк выпустил нидерландско-индийский гульден, а затем нидерландско-индийскую рупию.
Через два дня после капитуляции Японии 15 августа 1945 года Сукарно и Мохаммад Хатта провозгласили независимость Индонезии, что спровоцировало Индонезийскую национальную революцию. В своих попытках восстановить контроль над архипелагом Гражданская администрация Нидерландской Индии вновь открыла Банк Явы, чтобы возобновить выпуск и поддержать обращение гульденов Нидерландской Индии.
Чтобы противодействовать этому и сохранить экономический суверенитет, 5 июля 1946 года республиканское правительство Индонезии учредило Bank Negara Indonesia. Через несколько месяцев после его создания де-факто новый центральный банк Индонезии начал выпускать первую валюту независимой Индонезии под названием Oeang Republik Indonesia. (ОРИ).
В декабре 1949 года Нидерланды наконец признали независимость Индонезии. Банк Явы снова стал банком-эмитентом Индонезии, а Банк Негара Индонезия был преобразован в банк развития. В 1951 году правительство Сукарно национализировало Банк Явы. 1 июля 1953 года его заменил Банк Индонезии.
В течение следующих полутора десятилетий Банк Индонезии действовал как национальный банк Индонезии, выпускал национальную валюту (рупии) и осуществлял коммерческую деятельность, такую как предоставление кредитов. В 1968 году он был официально преобразован в центральный банк Индонезии и прекратил коммерческую деятельность. В 1999 году Банк Индонезии стал независимым от правительства.
Как центральному банку Индонезии, Банку Индонезии поручено поддерживать стабильность национальной валюты посредством управления денежно-кредитной и платежной системой страны, а также обеспечивать стабильность и эффективность национальной финансовой системы.