История Черноморского флота началась после присоединения Крыма к Российской империи. И когда 13 мая 1783 года в Ахтиарскую бухту (ныне это территория Севастополя) вошли 11 кораблей Азовской флотилии под командованием вице-адмирала Ф.А. Клокачева, то эта дата стала считаться датой создания Черноморского флота и теперь празднуется как День Черноморского флота в России (День Черноморского флота ВМФ России, День рождения Черноморского флота ВМФ РФ).
Новый флот развивался быстрыми темпами. В 1785 году был утвержден первый штат флота и было учреждено Черноморское адмиралтейство для управления флотом. Боевое крещение новый флот прошел во время Русско-турецкой войны 1787-1791 годов, когда Турция, не смирившаяся с потерей Крыма, поставила Российской империи ультиматум с требованием вернуть полуостров.
Когда в 1833 году командиром Черноморского флота и портов стал контр-адмирал Михаил Петрович Лазарев, началась новая веха в становлении флота. Он ввел новую систему обучения моряков, обеспечил полную комплектацию кораблей флота как вооружением, так и кадрами. Кроме того, именно Лазарев наладил работу гидрографического депо, которое стало издавать карты и атласы Черного моря, открыл в Севастополе школу для матросских детей и Дом собраний, построил здания адмиралтейств в Николаеве, Одессе, Новороссийске.
При Лазареве Черноморский флот стал одним из лучших парусных флотов Европы. И во время Крымской войны эскадра Черноморского флота нанесла разгромное поражение вражеским кораблям в сражении в Синопской бухте 18 ноября 1853 года. Впрочем, в войне Россия в итоге проиграла и после подписания Парижского мира 1856 года больше не могла содержать военный флот на Черном море, что привело к его упадку.
Вернуть военное присутствие в регионе удалось после франко-прусской войны 1870-1871 годов, когда французская монархия пала. На Крымском полуострове началось строительство подземных артиллерийских укреплений, были построены броненосцы береговой обороны для защиты Севастополя. Со временем на вооружении Черноморского флота появлялись все новые и новые корабли, оснащенные более современно.
Во время Первой мировой войны Черноморский флот уже вновь представлял собой грозную силу, однако Февральская революция значительно ослабила его, а Октябрьская — привела к полной потере боеспособности. В 1921 году началось создание уже советского Черноморского флота — после революционных событий и гражданской войны практически с нуля.
К началу Великой Отечественной войны 1941-1945 годов Черноморский флот вновь был в полной боеготовности. Он в годы войны обеспечивал оборону Одессы и Севастополя, оборону Кавказа, освобождение Новороссийска и т. д. А в послевоенные годы за боевые заслуги флот был награжден в мае 1965 года орденом Красного Знамени и с тех пор носит название Краснознаменного.
Распад СССР стал серьезным ударом по Черноморскому флоту, а сам флот оказался предметом спора двух отдельных теперь государств — России и Украины. В течение многих лет главы обоих государств пытались урегулировать вопрос принадлежности Черноморского флота и подписали ряд соглашений о параметрах раздела флота, о статусе и условиях пребывания флота на территории Украины и о других вопросах. С 18 марта 2004 года главная база Черноморского флота в Севастополе де-факто перешла под юрисдикцию РФ, а 2 апреля 2014 года МИД РФ направил в посольство Украины в России ноту о прекращении действия ранее подписанных соглашений о Черноморском флоте.
Краснознаменный Черноморский флот ВМФ России ныне является сегодня преемником Черноморского флота СССР и Черноморского флота Российской империи. Он является составной частью Вооруженных Сил Российской Федерации и обеспечивает военную безопасность государства в регионе Черного и Средиземного морей.
В состав Черноморского флота входят надводные корабли, дизельные подводные лодки, морская авиация (ракетоносная, противолодочная, истребительная), морская пехота, а также части сухопутных и береговых войск. Флагманом флота является ракетный крейсер «Москва», а штаб флота расположен в Севастополе.
В наше время празднование Дня Черноморского флота особенно торжественно проходит в Севастополе — главной базе российского флота на Черном море. В частности, в торжества, посвященные празднику, включается церемония возложения цветов к памятному знаку «300 лет Российскому флоту».