Хуан Себастьян Элькано родился примерно в 1486 году в Гетарии, прибрежном городке в Стране Басков. Считается, что его семья занималась морской торговлей, но неясно, были ли его родители дворянами или простолюдинами, богатыми или бедными, поскольку исторические источники противоречивы в этом отношении. Также мало информации осталось о молодости Элькано.
Зато участие Элькано в экспедиции Магеллана, также называемой экспедицией Магеллана-Элькано, довольно хорошо задокументировано. Он покинул свой родной город Гетария и отправился в Севилью, чтобы присоединиться к экспедиции в конце 1518 года, ища королевского прощения за свои предыдущие проступки. Первоначально флот Магеллана состоял из пяти кораблей: «Тринидад», «Сан-Антонио», «Консепсьон», «Виктория» и «Сантьяго». Элькано прибыл из Испании в качестве члена экипажа Concepción.
В сентябре 1519 года Элькано участвовал в неудавшемся мятеже против Магеллана под предводительством Хуана де Картахены, капитана «Сан-Антонио». Магеллан решил не наказывать мятежников смертью, и Элькано заслужил помилование после пяти месяцев каторжных работ в цепях.
«Сантьяго» потерпел крушение во время шторма в мае 1520 года, а «Сан-Антонио» дезертировал несколько месяцев спустя. Три оставшихся корабля вошли в Тихий океан из недавно открытого Магелланова пролива и достигли Гуама 6 марта 1521 года, а затем десятью днями позже — Филиппин. Именно там Магеллан был убит в битве с местными жителями 27 апреля 1521 года.
За битвой последовал конфликт между оставшимися в живых участниками экспедиции, которые не смогли определиться с новым лидером. 2 мая Жоао Лопес де Карвалью стал новым командующим флотом и приказал сжечь «Консепсьон», потому что на три корабля не осталось членов экипажа. В сентябре 1521 года Мартин Мендерс сменил Карвалью на посту командующего флотом. Он сделал Элькано капитаном «Виктории».
К концу экспедиции «Тринидад» пришел в упадок. В результате «Виктория» под командованием Элькано стала единственным кораблем экспедиции Магеллана, вернувшимся в Испанию. Элькано и несколько других выживших прибыли в Санлукар-де-Баррамеда 6 сентября 1522 года, совершив первое кругосветное плавание.
Правительство Басков учредило День Элькано в 2022 году в ознаменование 500-летия со дня прибытия Элькано в Санлукар-де-Баррамеда по завершении кругосветного плавания. Решение добавить такой день в календарь праздников автономного сообщества было связано с тем, что Рождество Христово (25 декабря) в том году выпало на воскресенье.
Дело в том, что в подобном случае некоторые автономные сообщества просто переносят государственный праздник на следующий понедельник. Но правительство Страны Басков поступает иначе и предпочитает установить еще один государственный праздник с символическим значением.
В результате День Элькано не является ежегодным государственным праздником. Но зато по случаю этого дня в Стране Басков проводятся различные культурные и образовательные мероприятия, посвященные кругосветному плаванию Элькано и его исторической роли.