Исконными обитателями Дакоты были индейские племена. Регион даже получил свое название в честь народа дакота; в переводе с языка дакота это слово означает «союзник». Первыми европейцами в регионе были франко-канадские торговцы мехом из семьи Ла Верандри, посетившие его в середине XVIII века. Они наладили хорошие отношения с местными индейцами и занимались охотой и торговлей пушниной.
Франко-канадцы провозгласили регион частью Новой Франции (а конкретно — Луизианы), однако не спешили основывать здесь поселения. А в 1762 году Франция заключила с Испанией секретное соглашение, по которому уступила ей территорию Луизианы, бывшую для Франции убыточной.
Следует отметить, что Луизиана включала в себя не только территорию одноименного штата, но и (полностью или частично) территории Миннесоты, Айовы, Миссури, Арканзаса, Оклахомы, Техаса, Нью-Мексико, Канзаса, Колорадо, Небраски, Вайоминга, Монтаны и Северной и Южной Дакоты. Поэтому с 1762 по 1802 год Северная и Южная Дакота были частью Испанской Луизианы.
Придя к власти, Наполеон оказал на Испанию политическое давление и вынудил ее вернуть Луизиану Франции, после чего продал ее США. В результате Луизианской покупки под контролем США оказалась практически вся Южная Дакота и большая часть Северной. Президент США Томас Джефферсон отправил в регион экспедицию Льюиса и Кларка, а в 1817 году американцы основали меховой торговый пост, на месте которого сегодня расположен город Форт-Пьер.
К этому моменту территория Луизиана, в состав которой входили обе Дакоты, была переименована в территорию Миссури после отделения от нее штата Луизиана. В 1819 году от территории Миссури отделилась территория Арканзас, а в 1821 году — штат Миссури. Оставшиеся земли по сути стали неорганизованной территорией.
В 1838 году из неорганизованной территории, некогда бывшей территорией Луизиана, была выделена территория Айова, в 1849 году — территория Миннесота, в 1854 году — территории Канзас и Небраска, а в 1861 году — территории Колорадо и Дакота. Территория Дакота включала земли нынешних штатов Северная и Южная Дакота, а также части Монтаны и Вайоминга.
В дальнейшем в результате создания новых территорий площадь территории Дакота сократилась, и ее границы к 1868 году стали соответствовать нынешним границам штатов Северная и Южная Дакота.
Разделение Дакоты на две части перед принятием в Союз было вызвано в основном политическими разногласиями между демократами и республиканцами; Республиканская партия рассчитывала путем создания двух лояльных к ней штатов упрочить свое положение в Сенате, а Демократической партии пришлось уступить, поскольку на стороне республиканцев на тот момент было политическое преимущество.
Территория Дакота была разделена на два штата, Северную и Южную Дакоту, 2 ноября 1889 года. Оба штата были немедленно приняты в Союз.