Махатма Айянкали родился 28 августа 1863 года в туземном княжестве Траванкор, занимавшем часть территории современных штатов Тамилнад и Керала. Его родители принадлежали к касте неприкасаемых.
В то время в регионе, где проживала семья Айянкали, социальная пропасть между различными кастами была особенно заметной. Так, каста, к которой принадлежали родители Айянкали и он сам, практически не имела прав и подвергалась дискриминации и притеснениям со стороны высших каст. Многие представители касты неприкасаемых в Траванкоре фактически были рабами.
С юного возраста Айянкали протестовал против сложившейся кастовой системы вместе с другими молодыми людьми, разделявшими его взгляды. К примеру, в 1893 году он оделся в традиционную одежду высшей касты и проехался по дороге в самостоятельно купленной повозке, запряженной быками (представителям низших каст был запрещено совершать подобные крупные покупки и ездить по дорогам).
Вдохновившись примером Айянкали, другие неприкасаемые тоже стали участвовать в протестах, благодаря чему к 1900 году неприкасаемым Траванкора разрешили пользоваться почти всеми дорогами, кроме тех, что вели к индуистским храмам.
Кроме того, Аяйнкали, который сам был неграмотным, выступал за доступность образования для детей из всех каст. В то время дети неприкасаемых могли учиться только в миссионерских школах, но для этого им приходилось принять христианство. Кроме того, обучение было платным, а большинство неприкасаемых были очень бедны.
Хотя правительство Траванкора к тому моменту уже начало реформировать систему образования и в 1907 году издало указ, разрешивший детям неприкасаемых посещать государственные школы, на практике местные власти находили способы его не выполнять Поэтому Айянкали при поддержке правительства Траванкора основал организацию, которая боролась за доступ неприкасаемых к образованию и собирала средства на открытие школ для неприкасаемых. Ее поддерживали как индуисты, так и христиане.
Когда в школу одной из деревень Траванкора приняли неприкасаемую девочку, представители высших каст в знак протеста подожгли школу. В ответ Айянкали организовал массовую забастовку сельскохозяйственных рабочих: они отказались выходить на работу в поля представителей низших каст, пока правительство не гарантирует равный доступ к обучению для всех жителей Траванкора независимо от касты.
Также Айянкали добился отмены обычая, запрещавшего женщинам из низших каст покрывать верхнюю часть тела в общественных местах. Представители высших каст считали, что это необходимо для демонстрации низкого статуса неприкасаемых, однако еще с XIX столетия против обычая выступали как сами неприкасаемые, так и христианские миссионеры.
Махатму Айянкали считают одним из самых выдающихся социальных реформаторов Кералы, поэтому день его рождения был объявлен в штате официальным праздником. В день рождения Махатмы Айянкали официальные лица Кералы и потомки Айянкали принимают участие в памятной церемонии, которая проходит у памятника Аяйнкали в Тривандраме — столице Кералы.