8 декабря 1992 года президент Российской Федерации Борис Ельцин подписал Указ «О Федеральном казначействе», ставший отправной точкой в создании системы органов Федерального казначейства России. Эта дата и считается датой создания российского казначейства.
1 декабря 2004 года Постановлением Правительства РФ «О Федеральном казначействе» было утверждено Положение о Федеральном казначействе. В 2002 году большая часть федеральных учреждений была переведена на обслуживание через органы федерального казначейства.
До 2004 года включительно казначейство входило в состав Министерство финансов, однако 1 января 2005 года оно было преобразовано в федеральную службу, находящуюся в ведении и подотчетную Министерству финансов.
Основные функции Федерального казначейства — обеспечение исполнения федерального бюджета, кассовое обслуживание исполнения бюджетов бюджетной системы РФ, предварительный и текущий контроль за ведением операций со средствами федерального бюджета главными распорядителями, распорядителями и получателями средств федерального бюджета.