Скаутское движение в Хорватии зародилось в начале ХХ века, когда ее территория входила в состав Австро-Венгрии. Первые отряды скаутов появились в городах Мали-Лошинь, Опатия, Пула и Риека в 1913–1918 годах. Они подчинялись национальной скаутской организации Австрии и были распущены после окончания Первой мировой войны.
Скаутское движение на территории Хорватии продолжило развиваться после образования в 1918 году Королевства сербов, хорватов и словенцев (предшественника Югославии). В 1922 году национальная скаутская организация королевства стала одним из членов-основателей Всемирной организации скаутского движения.
В 1923 году король стал официальным покровителем национальной организации скаутов, в которой на тот момент насчитывалось 14 отрядов. Однако в 1929 году, после того как Королевство сербов, хорватов и словенцев было переименовано в Королевство Югославия, скаутское движение было запрещено вместе с остальными организациями, в названиях которых не было слова «югославский».
После этого хорватские скауты заняли антимонархическую позицию, а на их эмблеме (в виде геральдической лилии, как у всех скаутских организаций) появилась красно-белая хорватская шаховница — геральдический узор в виде шахматной доски, присутствовавший на гербе Хорватии с XI века.
Повторно скаутское движение было запрещено в Хорватии после Второй мировой войны, когда Югославия, в 1945 году ставшая республикой, оказалась в зоне влияния Советского Союза. В послевоенные годы единственной официально признанной организацией скаутского типа в стране был Союз пионеров Югославии, основанный в 1942 году для партизанской борьбы против нацистских оккупантов.
Однако после ухудшения отношений Югославии с Советским Союзом Иосип Броз Тито разрешил деятельность скаутских организаций. При этом скаутское движение Югославии вышло из состава Всемирной организации скаутского движения и функционировало в тесном сотрудничестве с коммунистической пионерской организацией.
С 19 по 25 мая 1950 года в Загребе проходил первый совместный тренировочный лагерь для скаутов и пионеров. Годовщина его открытия сегодня отмечается в Хорватии как День скаутов. В 1951 году в Загребе была официально учреждена Скаутская ассоциация Югославии.
После начала распада Югославии в 1991 году Скаутская ассоциация Хорватии отделилась от Скаутской ассоциации Югославии и вернулась к принципам всемирного скаутского движения, не подвергшегося влиянию коммунистической идеологии. Одной из главных задач организации стала интеграция в общество независимой Хорватии детей и подростков, чьи жизни были затронуты войной за независимость Хорватии.
19 июля 1993 года Скаутская ассоциация Хорватии была принята во Всемирную организацию скаутского движения в качестве полноправного члена. С тех пор хорватские скауты регулярно принимают участие во всех международных скаутских слетах.