Оба штата расположены на северо-востоке Индии и ранее входили в состав Ассама, однако после многолетней борьбы за независимость и самоопределение Аруначал-Прадеш, Мизорам, а также Манипур, Трипура, Мегхалая и Нагаленд отделились от Ассама и получили статус штатов в составе Индии.
О ранней истории Аруначал-Прадеша известно немного. Большая его часть на протяжении столетий находилась в вассальной зависимости от королевства Ахом (Ассам), однако большинство местных племен пользовались широкой автономией и фактически были независимыми.
В 1838 году Ассам был завоеван англичанами, однако впоследствии на часть его территории претендовал Тибет. В 1914 году Англия и Тибет заключили Симлскую конвенцию, утвердившую так называемую «линию Мак-Магона» — границу между Индией и Тибетом. Сегодня эта линия формирует северную границу Аруначал-Прадеша.
В 1947 году Индия провозгласила свою независимость от Великобритании, а в 1949 году была образована КНР. Китайские власти отказались признавать линию Мак-Магона, однако на отношения между Индией и Китаем это не повлияло до 1960-х годов.
В 1962 году между Индией и Китаем разогрелся вооруженный конфликт в районе линии Мак-Магона. В результате войны Китай получил контроль над Аксайчином, однако Индия сохранила контроль над Агентством Северо-Восточной границы. В 1972 году Агентство было переименовано в Аруначал-Прадеш и получило статус союзной территории Индии.
Территорию Мизорама испокон веков населял народ чин, имеющий бирманское происхождение; проживающие в Мизораме чин больше известны как мизо. К середине XIX века Великобритания подчинила себе соседние регионы, а в 1895 году установила и контроль над горным хребтом Лушай, также известным как хребет Мизо (Lushai Hills или Mizo Hills), где проживали мизо.
После провозглашения независимости Индии интеллигенция региона Лушай-Хиллз создала политическую партию, которая боролась за упразднение племенных княжеств. В 1959-1960 гг. регион сильно пострадал из-за массового голода и местные жители, недовольные недостаточно оперативной реакцией центрального правительства, создали еще одну партию — Национальный фронт Мизо.
На протяжении 1960-х годов в Мизораме периодически вспыхивали восстания, финансируемые Китаем и Восточным Пакистаном, которым была на руку дестабилизация региона. Для их подавления правительство Индии в 1966 году даже решилось на авиаудар по региону. В 1972 году Мизорам, как и Аруначал-Прадеш, был преобразован в союзную территорию.
В 1986 году правительство Индии заключило мирный договор с Национальным фронтом Мизо и пообещало предоставить Мизораму статус штата. Вместе с Мизорамом статус штата получил и Аруначал-Прадеш. Соответствующие поправки в законодательство Индии официально вступили в силу 20 февраля 1987 года. Оба штата в этот день отмечают День основания (Statehood Day).