Первое поселение в бухте Мапуту, ранее известной как бухта Делагоа, основали португальцы в середине XVI века. Его назвали Лоуренсу-Маркиш в честь путешественника и торговца Лоуренсу Маркиша, участвовавшего в освоении Восточной Африки вместе с генералом Антониу Кальдейрой и открывшего залив Мапуту в 1544 году. Основанное Маркишем поселение было небольшим, но процветающим. Однако в начале XVII века португальцы покинули форт из-за огромного количества комаров, на которых не смогли найти управу.
В начале XVIII века голландцы выкупили побережье залива Делагоа у вождя местного племени, восстановили разрушенный португальский форт и начали использовать его как базу для торговли слоновой костью, рабами, оловом, алойным деревом, золотом, амброй, медом, медью и рисом. Кроме того, из бухты Делагоа отправлялись экспедиции вглубь Мозамбика. Однако, не найдя золотых месторождений, на которые они питали надежду, голландцы покинули форт в 1731 году.
В течение нескольких десятилетий ни одна из европейских стран не рисковала основать новое поселение в заливе Делагоа, пока в 1773 году Уильям Болтс не заложил в бухте два небольших форта под флагом Австрийской Ост-Индской компании. Это привлекло внимание Португалии, которая захотела восстановить контроль над территорией и в 1781 году изгнала австрийцев из бухты.
Чтобы защитить бухту от притязаний других стран, португальцы немедленно разместили здесь гарнизон и возобновили торговлю. Впрочем, это не уберегло их от конфликтов с Францией, Великобританией, бурами и зулусами. Окончательно отстоять свое право на территорию и заняться развитием поселения Лоуренсу-Маркиш португальцам удалось лишь в 1870-х годах.
Небольшое поселение рядом с фортом было основано в 1850 году, но статус деревни оно получило лишь 9 декабря 1876 года. После этого специальная комиссия, присланная в Мозамбик правительством Португалии, возглавила работы по осушению болота, посадке деревьев и постройке церкви и больницы. За следующее десятилетие деревня Лоуренсу-Маркиш настолько разрослась, что 10 ноября 1887 года ей присвоили статус города. Годовщина этого события сегодня и отмечается как День Мапуту.
В 1887 колониальные власти перенесли столицу колонии Мозамбик с острова Мозамбик в Лоуренсу-Маркиш, а к началу ХХ века столица колонии стала оживленным морским портом, принимавшим корабли из Португалии, Германии и Великобритании. Начиная с 1940-х годов в Лоуренсу-Маркише начали появляться начальные и средние школы, а в 1962 году здесь открылся первый в регионе университет.
В 1975 году Мозамбик получил независимость от Португалии. Чтобы избавиться от колониального наследия, столицу решили переименовать. Изначально предполагалось, что город назовут Пумо в честь вождя, который владел этими землями до прибытия португальцев, но в конце концов столица Мозамбика получила имя Мапуту в честь протекающей неподалеку реки.
Как и все муниципальные праздники, День Мапуту отмечается только в самом городе и не имеет праздничного статуса на всей остальной территории страны.