Хотя официально султанат Джохор был основан в 1528 году, его история началась с захвата Малакки португальцами в 1511 году. Правитель Малакки неоднократно пытался отвоевать город у захватчиков, но безуспешно, а его сын решил закрепиться в Джохоре и основал там собственное государство. В момент своего расцвета Джохор был целой империей, контролировавшей значительные территории.
Основателем современного Джохора считают султана Абу Бакара, правившего султанатом с 1886 по 1895 год. Благодаря своим про-европейским взглядам и дружбе с британской королевой Викторией ему удалось значительно модернизировать экономику султаната, внедрить систему управления, основанную на британской, и минимизировать влияние Британии на местную политику. Однако к 1914 году Джохор все-таки был признан протекторатом Великобритании как одно из нефедерированных малайских государств.
После Второй мировой войны Джохор вошел в состав британской колонии Малайский Союз, которая в 1948 году была преобразована в Малайскую Федерацию. В 1957 году Федерация получила независимость, и Джохор стал штатом в ее составе, продолжив при этом быть султанатом.
Текущий султан Джохора, Ибрагим Исмаил, родился 22 ноября 1958 года в семье Искандара, внука султана Джохора, и его первой жены, англичанки Джозефины Руби Треворроу. Окончив среднюю школу в Австралии, он обучался военному делу в Малайзии и США. Интересно, что Ибрагим Исмаил — единственный из султанов в Малайзии, не имеющий высшего образования.
В 1981 года Искандар стал султаном Джохора, а Ибрагим Исмаил был официально провозглашен наследником престола. С 1984 по 1989 год, когда Искандар занимал пост Янг ди-Пертуана Агонга (верховного правителя Малайзии, которого выбирают из числа правителей штатов на пятилетний срок), Ибрагим Исмаил был регентом Джохора и управлял штатом от имени отца.
В последние годы правления Искандара часть его государственных функций взял на себя Ибрагим Исмаил, чтобы разгрузить своего стареющего отца. 22 января 2010 года он официально был провозглашен регентом Джохора, но спустя несколько часов султан Искандар умер, и Ибрагим Исмаил взошел на престол Джохора. При этом церемония коронации состоялась лишь пять лет спустя (интересно, что его отец, султан Искандар, решил вообще не проводить церемонию коронации после вступления на престол).
До 2015 года официальный день рождения султана Джохора совпадал с фактическим и отмечался 22 ноября. Однако после коронации, состоявшейся 23 марта 2015 года, в качестве официального дня рождения султана отмечается годовщина его коронации. Как и в других штатах Малайзии, день рождения султана в Джохоре является официальным праздником и нерабочим днем.