Мехер Баба родился 25 февраля 1894 года в Пуне. Его родители были иранцами и исповедовали зороастризм. Духовное преображение Мервана Шериара Ирани (такое имя он получил при рождении) началось после того, как он в возрасте 19 лет познакомился с пятью выдающимися духовными лицами, которых он называл «духовными мастерами».
Семь лет он обучался у них, а в 1921 году у него появились первые последователи. Именно они дали ему имя Мехер Баба, означающее «сострадательный отец». В 1922 году Мехер Баба основал общину в Мумбаи, где обучал своих последователей (мандали), требуя от них дисциплины и послушания.
Через год они основали ашрам неподалеку от Ахмеднагара, который Мехер Баба назвал Мехерабад, что в переводе означает «сад благословения». Мехерабад стал центром его миссионерской работы. К концу десятилетия Мехер Баба открыл в нем школу, больницу и амбулаторный пункт, которые были бесплатны и открыты для представителей всех каст и вероисповеданий.
В 1925 году Мехер Баба дал обет молчания, которого придерживался до конца жизни. Он общался с окружающими сначала при помощи грифельной доски и мела, потом — доски с алфавитом, и, наконец, в 1950-х годах разработал собственный жестовый язык. К 1927 году он также перестал пользоваться письменными принадлежностями.
В 1930-х годах Мехер Баба путешествовал по Европе и США, где собрал первую группу западных учеников. Во время своего путешествия он встретился со многими знаменитостями, в числе которых были Гэри Купер, Чарльз Лоутон, Таллула Бэнкхед, Борис Карлофф, Том Микс, Морис Шевалье, Эрнст Любич, Мэри Пикфорд и Дуглас Фэрбенкс.
В 1940-х годах Мехер Баба работал в основном с мастами — людьми, «опьяненными Богом». В начале 1950-х он открыл два духовных центра за пределами Индии — в США и Австралии — и снова начал путешествовать. Во время своего пребывания в США он дважды попадал в автомобильные аварии, которые серьезно подорвали его здоровье. К концу жизни он передвигался лишь в инвалидном кресле, а затем и вовсе оказался прикован к кровати.
В 1954 году Мехер Баба публично провозгласил себя аватаром — человеческим воплощением Бога, аналогичным Вишну в индуизме. Согласно его учению, аватар появляется на земле каждые 700-1400 лет, чтобы приблизить человечество к Богу. По его словам, в число предыдущих аватаров входили Заратуштра, Рама, Кришна, Будда, Иисус Христос и пророк Мухаммед.
Мехер Баба скончался 31 января 1969 года в Мехерабаде. Его последними словами (точнее, жестами) были «Не забывайте, что я есть Бог». Со временем его последователи начали называть годовщину смерти Мехер Бабы Амаритхи — «бессмертный день». Каждый год 31 января тысячи последователей Мехер Бабы собираются вместе в Мехерабаде и вспоминают своего духовного лидера.