Андреевский флаг получил свое название в честь Андреевского креста — косого креста, который символизирует распятие апостола Андрея Первозванного, распятого в Патрах около 67 года н. э. Одной из первых стран, использовавших Андреевский крест в своем флаге, стала Шотландия, поскольку Андрей Первозванный считается ее святым покровителем.
По церковной легенде, Андрей Первозванный занимался распространением христианства на территории будущей Руси и поэтому считается святым покровителем России. В 1698 году российский царь Петр I решил учредить в его честь орден Святого Апостола Андрея Первозванного для награждения за государственную службу и воинские подвиги. В дизайне ордена присутствовал синий Андреевский крест.
А в 1699 году Петр I нарисовал проект флага военного флота с Андреевским крестом. 1 декабря 1699 года (по новому стилю — 11 декабря) он официально утвердил Андреевский флаг — белое полотнище с синим диагональным крестом — в качестве флага российского военного флота.
После революции 1917 года на советских военных кораблях перестали использовать Андреевский флаг, заменив его на красный флаг Интернационала, однако корабли Белого движения использовали его вплоть до начала 1920-х годов.
Андреевский флаг вновь начал использоваться на российском флоте после распада Советского Союза. 21 июля 1992 года белый флаг с диагональным голубым крестом был официально утвержден в качестве военно-морского флага РФ, а 26 июля — в День ВМФ — на всех российских судах торжественно спустили военно-морские флаги СССР и подняли новые российские военно-морские флаги.
Исторический синий цвет Андреевскому кресту на военно-морском флаге РФ вернули в декабре 2000 года (соответствующий закон вступил в силу 1 января 2001 года). Несмотря на перерыв в использовании, Андреевский флаг прочно ассоциируется с доблестью российских моряков, поэтому годовщина его принятия — важная памятная дата для Военно-морского флота Российской Федерации.