Франциск Ксаверий был баскского происхождения. Он родился в 1506 году в наваррском замке Хавьер. Его отец служил министром финансов и тайным советником при дворе короля Наварры Жана III д’Альбре, однако после завоевания Наварры Кастилией земли Хавьеров были конфискованы, и он потерял свое имущество и влияние.
В 19-летнем возрасте Франциск Ксаверий отправился учиться в Парижский университет, где познакомился и подружился с Пьером Фавром, а затем и с Игнатием Лойолой. 15 августа 1534 года Ксаверий, Фавр, Лойола и четверо других студентов принесли приняли обеты бедности, целомудрия и послушания в церкви Сен-Пьер-де-Монмартр. Эта дата считается датой создания ордена иезуитов, хотя официально Общество Иисуса было основано в 1540 году после получения папского благословения.
Одной из миссий общества было распространение христианской веры в землях, открытых испанцами и португальцами. Изначально в качестве миссионеров в португальские владения должны были отправиться Николас Бобадилья и Симан Родригиш, но Бобадилья серьезно заболел, и Лойола попросил Франциска Ксаверия отправиться вместо него.
Так началась миссионерская деятельность будущего святого: 15 августа 1540 года он отправился из Рима в Лиссабон, чтобы получить подробные инструкции у португальского короля, а 7 апреля 1541 года — отплыл из Лиссабона. Несколько месяцев Франциск Ксаверий провел в Португальском Мозамбике, после чего получил распоряжение отправиться в Гоа, который на тот момент был столицей Португальской Индии.
Основной его миссией было возрождение христианской веры среди португальских поселенцев, однако спустя несколько месяцев после приезда в Гоа он начал также заниматься обращением в христианство местного населения. Правда, выбранная им тактика (проповедование среди бедных слоев населения) была не особенно успешна из-за противодействия брахманов — касты индуистских жрецов.
Франциск Ксаверий основал и возглавил колледж Святого Павла, ставший первым миссионерским пунктом иезуитов во всей Азии, и инициировал строительство около 40 церквей вдоль всего побережья Гоа. Количество христиан в Гоа благодаря его усилиям неуклонно росло, и даже сегодня около 25% населения этого штата составляют христиане, что весьма много для Индии (в целом в стране проживает лишь чуть более 2% христиан).
Около двух лет Франциск Ксаверий провел в Португальской Малакке, после чего ненадолго вернулся в Гоа, но затем отбыл в Японию, а после этого — в Китай. Он умер от лихорадки в декабре 1552 года на острове Шанчуань, ожидая переправы на материк. Папа римский Павел V беатифицировал Франциска Ксаверия в 1619 году, а всего три года спустя он был канонизирован папой Григорием XV одновременно с Игнатием Лойолой. Папа Пий XI провозгласил святого Франциска Ксаверия покровителем католических миссий.