Впервые Новороссийская военная база была сформирована в июле 1920 года для защиты Новороссийского торгового порта. Ее корабли и части принимали участие в разгроме армии Врангеля в Крыму и освобождении Закавказья советской армией. Формально Новороссийская ВМБ стала полноценным подразделением вооруженных сил СССР в декабре 1940 года, незадолго до начала Великой Отечественной войны.
Во время войны Новороссийская ВМБ была опорным пунктом поддержки осажденных гарнизонов Севастополя и Одессы. Ее корабли и части принимали активное участие в Керченской десантной операции, а также в эвакуации войск с Керченского полуострова и из Севастополя. В сентябре 1942 года штаб базы и ее основные силы пришлось передислоцировать в Геленджик, а после освобождения Новороссийска в 1943 году одной из главных задач Новороссийской ВМБ стала ликвидация немецких морских мин.
В 1947 году Новороссийскую ВМБ расформировали. Но после распада СССР и провозглашения независимости Украины и Грузии, где в советское время базировались основные силы Черноморского флота, командование ВМФ России задумалось о том, чтобы снова использовать Новороссийск в качестве пункта базирования флота.
Новороссийская ВМБ была официально возрождена приказом «О формировании Новороссийского военно-морского района и создании системы базирования сил ВМФ на территории Краснодарского края» от 8 сентября 1994 года. Этот день и считается официальным «днем рождения» Новороссийской ВМБ.
День Новороссийского военно-морского района был официально учрежден приказом Главнокомандующего ВМФ от 15 июля 1996 года. В этот день поздравления с профессиональным праздником принимают как военные моряки, так и гражданский персонал базы. Также в день праздника чтят память моряков Новороссийской ВМБ, которые сражались в Великой Отечественной войне.