Сан-Сальвадор был основан в 1525 году испанскими конкистадорами Гонсало де Альварадо и Диего де Олуином по приказу Педро де Альварадо, отвечавшего за завоевание Центральной Америки. Город назвали в честь Иисуса Христа — Святого Спасителя (именно так с испанского языка переводится San Salvador).
Интересно, что после его основания город переносили дважды, в 1528 и 1545 годах. В 1528 году поселение по сути восстановили заново после того, как за два года до этого оно было разрушено индейцами, а в начале 1840-х годов, после землетрясения, Сан-Сальвадор перенесли в местность с более плодородной почвой и меньшей сейсмической активностью.
Население Сан-Сальвадора оставалось относительно небольшим до начала XX века, в том числе и из-за частых извержений вулкана Сан-Сальвадор, сопровождавшихся землетрясениями, после которых значительные участки города приходилось отстраивать заново. Прирост населения начался уже в ХХ веке: если в 1900 году в Сан-Сальвадоре проживало 138 тысяч человек, то в 1950 — уже 296 тысяч. Сегодня же население самого города составляет около полумиллиона человек (без учета агломерации).
«Золотым веком» для Сан-Сальвадора в плане безопасности, качества жизни и модернизации были 1960-е — 1980-е годы, но, к сожалению, дальнейшее развитие города было заторможено гражданской войной. Несмотря на это, сегодня Сан-Сальвадор — крупнейший город Сальвадора и политический, культурный, образовательный и финансовый центр страны. Кроме того, в городе расположена штаб-квартира Системы центральноамериканской интеграции.
День Сан-Сальвадора отмечается не в годовщину основания города (1 апреля), а 3 августа, за несколько дней до праздника Преображения Господня. Он имеет статус официального праздника и нерабочего дня, но не на всей территории страны, а только в самой столице. В честь праздника в городе проходит торжественный парад и масса других мероприятий для жителей и гостей города.