После арабского завоевания и исламизации Персии функции высших учебных заведений в Иране выполняли религиозные школы — низамии. Первые высшие учебные заведения западного типа начали появляться в Иране в середине XIX века. В 1851 году премьер-министр Ирана Амир-Кабир основал в Тегеране Дар ул-Фунун — первый в стране светский университет европейского типа, который готовил специалистов в таких областях, как геология, технические науки, медицина и военное дело.
За Дар ул-Фунуном последовали военная академия и Тегеранская школа политических наук. В 1934 году по личному распоряжению Реза-шаха Пехлеви был основан Тегеранский университет (к обучению в котором три года спустя допустили и женщин), а в 1940-е годы университеты современного типа начали появляться и в других городах. В 1953 году в Иране было четыре университета, а к 1977 — уже 16.
После революции 1979 года (одной из движущих сил которой, кстати, были студенты Тегеранского университета), в результате которой Иран был объявлен исламской республикой, новое правительство начало увольнять из университетов преподавателей и исключать студентов, которых подозревали в сотрудничестве шахским режимом. Многие университеты были закрыты из-за сотрудничества с западными учебными заведениями.
С 1980 по 1983 года в Иране не действовало ни одно светское высшее учебное заведение, но в конце концов новое правительство осознало, что проще трансформировать уже существующую систему высшего образования в соответствии с изменившейся идеологией, чем создавать новую с нуля.
Объединение светских и религиозных подходов к высшему образованию проводили согласно принципам, заложенным еще в 1970-х годах Мохаммадом Мофаттехом — иранским философом, теологом и политическим активистом. Он считал, что программа университетов должна знакомить студентов с исламом, а в религиозных учебных заведениях должны преподаваться некоторые светские предметы (например, философия и право) и использоваться современные подходы к обучению.
К сожалению, Мохаммад Мофаттех погиб еще до того, как в стране началось преобразование системы высшего образования, и не успел увидеть воплощение своих идей в жизнь. 18 декабря 1979 года он был застрелен экстремистами прямо возле здания богословского факультета Тегеранского университета. Годовщину смерти Мофаттеха провозгласили Днем объединения исламских учебных учреждений и университетов в Иране, чтобы подчеркнуть его вклад в развитие современной системы высшего образования в Иране.
Единство светских и религиозных учебных заведений не подразумевает превращения всех светских университетов в религиозные. Министерство образования Ирана подчеркивает, что главные его задачи — сблизить два типа учебных заведений в плане характера управления, системы и организации, а также способствовать взаимодействию науки и религии. При этом каждый тип высших учебных заведений занимает свое место в образовательной системе страны.