В первые годы после создания Советского Союза греки были одним из самых многочисленных национальных меньшинств: согласно переписи 1926 года, число проживающих на территории СССР греков составляло более 213 тысяч человек, а к 1939 году — выросло до 286 тысяч.
Большинство их них перебралось в СССР из Турции, спасаясь от геноцида понтийских греков в Османской империи, или же непосредственно из Греции после восстановления монархии и прихода к власти Иоанниса Метаксаса в 1935 году. Греки проживали преимущественно на юге и востоке Украины, в Крыму, Краснодарском крае, Грузии и Азербайджане.
В научных кругах до сих пор нет единой точки зрения на причину «Большого террора» 1937–1938 годов, но в качестве мотива (по крайней мере, формального) «национальных чисток» чаще всего называют подозрения в шпионаже в пользу иностранных государств. Сначала НКВД боролся только против «польских шпионов», а затем в список «подозрительных» национальностей добавили латышей, немцев, эстонцев, финнов, иранцев, китайцев и греков.
11 декабря 1937 года народный комиссар внутренних дел Ежов подписал директиву, предписывавшую ликвидировать якобы существующую в СССР греческую разведку, работающую в тесном сотрудничестве с английской, германской и японской разведками. Текст директивы практически ничем не отличался от текстов предыдущих директив НКВД, распоряжавшихся относительно других национальных чисток в рамках «борьбы со шпионажем».
Аресты проживающих на территории СССР греков начались 15 декабря 1937 года. Волна арестов прокатилось по Крыму, Краснодарскому краю, Украине, Грузии и Азербайджану. В числе арестованных был Константин Челпан, конструктор танкового дизеля В-2, награжденный за свое изобретение Орденом Ленина. За десять дней операции было арестовано около 8 тысяч греков, но аресты продолжались и после окончания первой волны. По мнению западных историков, репрессии против советских греков продолжались 13 лет, а их жертвами, по различным оценкам, стали от 20 до 50 тысяч человек.
Около 85 % арестованных в декабре 1937 года в итоге были расстреляны, остальные получили лагерные сроки. Примерно 150 греков умерли в тюрьмах в ожидании приговора, около 100–150 человек освободили из-под стражи, а несколько десятков греческих подданных депортировали на родину. Около 40 тысяч советских греков попытались получить политическое убежище в Греции, но примерно три четверти получили отказ. Официально он был обоснован невозможностью выдать такое количество виз и паспортов, но на самом деле правительство Греции считало советских греков носителями опасной коммунистической идеологии.
В отличие от многих других этнических групп, подвергшихся чистке, греки никогда не были реабилитированы советским правительством как нация в целом (все репрессированные греки были реабилитированы поименно). Официальной реабилитации удалось добиться лишь в 2015 году.
15 декабря (в годовщину начала чистки) греки по всему миру отмечают День памяти жертв «Греческой операции» НКВД в память о всех, кто был расстрелян или сослан во время этнических чисток.