Во время Перестройки криминальная обстановка в СССР ощутимо ухудшилась, а организованный характер преступности, который долгое время скрывался руководством страны, стал очевиден. У большинства работников милиции просто не было опыта противодействия организованным преступным группам, поэтому 15 ноября 1988 года в составе МВД СССР появилось Управление по борьбе с организованной преступностью.
После распада СССР 6-е Управление МВД СССР преобразовали в Главное Управление по организованной преступности МВД России, а впоследствии были созданы его региональные подразделения — РУОПы (позднее переименованные в РУБОПы).
В 2008 году в ходе реформирования системы МВД было принято решение ликвидировать службу по борьбе с организованной преступностью и на ее базе создать подразделения по борьбе с экстремизмом. 6 сентября 2008 года в составе МВД РФ было создано Главное управление по противодействию экстремизму (ГУПЭ МВД ФР), также известное как Центр «Э».