Индонезия является светским государством, но религия все равно играет в жизни индонезийцев огромную роль. И, к примеру, основным религиям и течениям, распространенным в стране, государство оказывает поддержку и защиту. К таковым относятся ислам, христианство (протестантизм и католицизм), индуизм, буддизм и конфуцианство, при этом другие вероисповедания не запрещены.
С учетом важного значения религии в жизни граждан Индонезиии предложение о создании специального министерства по делам религии вносилось как минимум дважды в ходе подготовки к провозглашению независимости страны, но оба раза не нашло необходимой поддержки. В третий раз, однако, Центральный индонезийский национальный комитет (орган, созданный для оказания помощи президенту новой независимой Индонезии) поддержал идею.
Министерство по делам религии было официально создано 3 января 1946 года. Оно взяло на себя часть функций Министерства внутренних дел (заключение брака, вопросы, связанные с мечетями и хаджем), Министерства юстиции (исламский суд) и Министерства образования, педагогики и культуры (исламское образование).
Хотя более 80% населения Индонезии составляют мусульмане, в стране также проживают протестанты, католики, индуисты, буддисты и приверженцы других религий, а право на свободу вероисповедания закреплено в конституции. Поэтому в состав Министерства по делам религии входят комитеты, занимающиеся вопросами наиболее распространенных в Индонезии религий, ведь одна из главных задач министерства — обеспечить гармоничное сосуществование людей различных вероисповеданий.