Город Пуно основал 4 ноября 1668 года вице-король Перу Педро Антонио Фернандес де Кастро. Однако задолго до прихода испанцев окрестности озера Титикака были центром могущественного государства инков.
Создание империи инков приписывается легендарному Инке Манко Капаку. Согласно инкским легендам, его родителями был бог Солнца Инти и богиня Луны Мама Килья. Они послали своего сына на землю, чтобы тот спас людей от варварства и дикости.
Манко Капак создал государство инков, известное под названием Тауантинсуйу, около 1200 года и правил им примерно 40 лет. Он основал столицу империи — город Куско, отменил человеческие жертвоприношения и ввел свод законов.
Празднования в честь Манко Капака в Пуно начинаются в первую неделю ноября, а кульминация их приходится на 5 ноября. В этот день на городском стадионе и центральной площади проходят парады, музыкальные и танцевальные представления, ярмарки и масса других мероприятий. Артисты в ярких костюмах по традиции разыгрывают легенду об основании империи инков.