Мануэль Кесон родился 19 августа 1878 года. После окончания школы он начал учиться на юриста, но бросил учебу, чтобы присоединиться к движению за независимость Филиппин и принять участие в Филиппино-американской войне. Однако через некоторое время Кесон вернулся в университет и получил юридическую степень.
Его политическая карьера началась в 1907 году, когда Кесона избрали в Филиппинскую ассамблею. В 1916 году он стал сенатором, а в 1935 году — победил в первых президентских выборах, набрав 68% голосов. Во время своего первого президентского срока Кесон реорганизовал правительство, инициировал программу социальной справедливости, аграрную и образовательную реформы, а также добился права голоса для женщин.
В 1941 году Кесон был избран на второй срок, получив 82% голосов избирателей. Однако из-за начала Второй мировой войны ему пришлось покинуть Филиппины. Он возглавил правительство в изгнании в Вашингтоне, но вести активную политическую деятельность ему мешало ухудшающееся состояние здоровья. 1 августа 1944 году Кесон скончался от туберкулеза.