С самого обретения независимости в Бурунди не прекращался конфликт между народностями тутси и хуту. Нтарьямира, занявший пост президента 5 февраля 1994 года, принадлежал к народности хуту.
В апреле 1994 года Сиприен Нтарьямира и президент Руанды Жювеналь Хабьяримана (тоже принадлежавший к народности хуту) принимали участие во встрече, посвященной попыткам урегулирования вооруженных конфликтов между тутси и хуту в Бурунди и Руанде, в Дар-эс-Саламе.
6 апреля самолет, на борту которого находились возвращавшиеся с конференции Нтарьямира и Хабьяримана, был сбит из переносного зенитно-ракетного комплекса на подлете к аэропорту Кигали. Это привело к гибели обоих президентов.
Эта трагедия стала формальной причиной геноцида народности тутси в Руанде, а также привела к новому резкому обострению межэтнического конфликта в Бурунди, в результате которого нового президента избрали лишь в сентябре 1994 года.