Дата для празднования Дня сотрудника финансовой полиции Кыргызстана была выбрана в честь годовщины подписания в 1993 году указа президента страны о создании специальных подразделений налоговых расследований при Государственной налоговой инспекции Республики Кыргызстан. Этот указ заложил основу развития финансовой полиции в независимом Кыргызстане.
Созданные подразделения налоговых расследований были укомплектованы сотрудниками органов внутренних дел, национальной безопасности прокуратуры. В 1994 году на базе таких подразделений был создан в стране Департамент налоговой полиции при Министерстве финансов Республики Кыргызстан.
Сначала деятельность данного департамента была сосредоточена на выявлении налоговых преступлений и обеспечении безопасности сотрудников, но позже в его функции стало также входить предварительное расследование по уголовным делам о налоговых преступлениях.
В последующие годы департамент претерпел несколько изменений, например, в 2007 году была создана Финансовая полиция при Правительстве Кыргызской Республики. Совершенствовалась законодательная база в сфере борьбы с экономическими видами преступлений, менялась структура финансовой полиции, но всегда неизменным оставалось главное — мужество, стойкость и высокий профессионализм сотрудников при выполнении служебного долга.
В 2012 году Финансовая полиция Кыргызстана была ликвидирована, вместо нее была создана Государственная служба по борьбе с экономическими преступлениями при Правительстве Кыргызской Республики. В ее задачи входили борьба с экономическими преступлениями, упорядочение функций и полномочий государственных органов, действующих в экономической сфере, защита малого и среднего бизнеса и т. д.
Праздник в честь сотрудников финполиции Кыргызстана был учрежден в постановлении правительства страны от 17 февраля 2005 года. Когда финансовую полицию ликвидировали, а была образована Государственная служба по борьбе с экономическими преступлениями при Правительстве Кыргызской Республики, профессиональный праздник по привычке продолжили называть Днем сотрудника финансовой полиции.
На официальном уровне в этот день работники финансовой полиции Кыргызстана получали поздравления от начальства, а также праздновали в кругу коллег, друзей, близких. Целью введения такого профессионального праздника руководство Кыргызстана называло формирование традиций органов финансовой полиции государства.
Постановлением от 5 марта 2021 Правительство Кыргызской Республики ликвидировало Государственную службу по борьбе с экономическими преступлениями при Правительстве Кыргызской Республики. В связи с этим День сотрудника финансовой полиции Кыргызстана больше не отмечается на официальном уровне.