Мельхиор Ндадайе родился 28 марта 1953 года. Начав получать педагогическое образование на родине, после этнической резни 1972 года он вынужден был бежать в Руанду, чтобы избежать смерти. Там он закончил обучение и начал принимать участие в политической деятельности.
С 1976 по 1979 год Ндадайе был главой Студенческого движения Бурунди в изгнании, а в 1979 году стал одним из создателей новой Рабочей партии Бурунди. В 1983 году покинул партию из-за политических разногласий, а в 1986 году основал подпольное политическое движение Фронт за демократию в Бурунди.
В 1992 году ему позволили официально зарегистрировать партию, а в 1993 году Ндадайе победил на президентских выборах. Он стал первым демократически избранным президентом страны и первым представителем народности хуту на этом посту.
Находясь на посту президента, Ндадайе пытался исправить глубокий этнический раскол общества в стране (противостояние тутси и хуту). Однако 21 октября 1993 года в стране состоялся переворот, в ходе которого Ндадайе был заколот штыком.