В 1472 году португальская экспедиция открыла остров в Гвинейском заливе и назвала его Фернандо-По в честь капитана экспедиции (современное название острова — Биоко). Однако колонизировать его они начали лишь сто с лишним лет спустя.
В 1778 году Португалия передала остров Испании. В 1827 году он был завоеван англичанами, однако в 1843 году испанцы отвоевали его обратно, а еще через 13 лет завоевали материковую территорию Рио-Муни.
В 1926 году была создана колония Испанская Гвинея. В 1959 году испанским владениям в Гвинейском заливе был предоставлен статус заморских территория под общим названием «Экваториальный регион Испании». Они были разделены на две провинции — Рио-Муни и Фернандо-По.
В 1963 году провинции были объедены в Экваториальную Гвинею, которой была предоставлена внутренняя автономия. Пять лет спустя под давлением националистов Экваториальной Гвинеи и ООН Испания пообещала предоставить ей независимость. Официальное провозглашение независимости состоялось 12 октября 1968 года.