Необходимость создания национальной армии возникла в Индонезии после одностороннего провозглашения независимости в августе 1945 года. Великобритания решила поддержать Нидерланды в борьбе против мятежа, и после того как в конце сентября — начале октября в Индонезии высадились британские и голландские войска, 5 октября была создана Армия национальной безопасности.
В 1947 году вооруженные силы были переименованы в Национальную армию Индонезии, с 1969 по 1999 год они носили название Вооруженные силы Республики Индонезия, современное же название вооруженных сил — Национальная армия Индонезии. В качестве профессионального праздника индонезийские военнослужащие отмечают официальную дату создания Армии национальной безопасности, 5 октября.
В состав ВС Индонезии входят сухопутные войска, ВСМ и ВВС. До 1999 года полиция также входила в состав вооруженных сил. Армия Индонезии комплектуется по смешанному принципу — выборочным призывом и по найму. Ее численность составляет более 230 тыс. человек.