Христофор Колумб в 1502 году высадился на восточном побережье Гондураса. Активная колонизация территории началась в 1524 году, когда завоеватель Мексики Эрнан Кортес отправил сюда отряд под командованием Кристобаля де Олида.
В 1825 году было основано несколько поселений, но завоевателям пришлось столкнуться с ожесточенным сопротивлением местных индейцев, которыми командовал вождь Лемпира. Сейчас его считают национальным героем Гондураса.
До 1539 года территория Гондураса входила в состав генерал-капитанства Гватемала. В начале XIX века испанские колонии начали бороться за независимость. 15 сентября 1821 года Гондурас и другие колонии в Центральной Америке провозгласили свою независимость от Испании, но вскоре присоединились к Мексиканской империи.
В 1823 году Гондурас, Никарагуа, Сальвадор, Коста-Рика и Гватемала вышли из состава Мексики и основали Соединенные Провинции Центральной Америки — независимое федеративное государство.