Первым на территорию современного Сальвадора вторгся конкистадор Педро де Альварадо, сподвижник Кортеса, в 1524 году. Год спустя был основан город Сан-Сальвадор, который сейчас является столицей и крупнейшим городом Сальвадора.
Однако испанцам удалось закрепиться здесь лишь к 1529 году, а сопротивление местных индейцев науа они окончательно преодолели в 1540-х годах. С 1560 по 1821 год территория Сальвадора входила в состав генерал-капитанства Гватемала.
В начале XIX века испанские колонии в Центральной Америке начали борьбу за независимость. Первая попытка провозгласить независимость от Испании была предпринята в 1811 году, но ее быстро подавили колониальные войска.
15 сентября 1821 года испанские колонии в Центральной Америке (в том числе и Сальвадор) провозгласили свою независимость. Но уже в следующем году они вошли в состав Мексиканской империи, а в 1823 году объединились в Соединенные Провинции Центральной Америки.