Предысторией конфликта в Душанбе стал массовый армянский погром, состоявшийся в Баку 13-20 января 1990 года. Несколько армянских семей общей численностью 39 человек сбежали в Душанбе к своим родственникам.
Спустя некоторое время по городу начали распространяться ложные слухи, что нескольким тысячам армянских беженцев из Таджикистана было решено выделить квартиры в новостройках жилого массива в Душанбе. Поскольку в городе в то время был острый дефицит жилья, местные жители начали митинговать против этого решения (при этом на самом деле вопрос о выделении квартир даже не стоял).
11 февраля несколько тысяч человек собрались на митинг возле здания ЦК КП Таджикистана. Несколько семей армян, которые приехали в Душанбе, покинули республику, заявляя, что не хотят становиться причиной внутреннего конфликта в Таджикистане.
Однако демонстрантов уже было не остановить: 12 февраля митинг перерос в массовые беспорядки, беспорядки — в погромы, сопровождающиеся массовым насилием и убийствами русскоязычного населения. Мирным жителям столицы пришлось создавать отряды самообороны — помощь со стороны властей и правоохранительных органов отсутствовало.
Для наведения порядка в Душанбе перебросили примерно 5 тысяч военнослужащих МВД им Министерства обороны с приказом открывать огонь на поражение, пришлось ввести комендантский час. Результатом беспорядков стала гибель 25 человек, 565 человек были ранены.