Хосе Протасио Рисаль-Меркадо и Алонсо-Реалонда родился 19 июня 1861 года в филиппинском городе Каламба. У него было 9 сестер и 1 брат, его родители были весьма зажиточными — они выращивали рис на арендуемых у доминиканских монахов землях.
Хосе уже в 3 года освоил алфавит, а в 5 — читал и писал. При этом формально он начал учебу в 8 лет, когда вместе с братом Биньяне стал заниматься у персонального преподавателя. Когда Хосе исполнилось 10 лет, его учитель посоветовал ему продолжить обучение в вузах Манилы.
Рисаль поступил в университет Атенео-де-Манила и закончил там общий курс с оценками «только отлично». Далее он продолжил учебу, чтобы получить диплом оценщика и землеустроителя, и вместе с тем начал изучать юриспруденцию в университете Санто-Томас.
Когда же Хосе узнал, что его мать теряет зрение, он решил переключиться на медицину (со специализацией в офтальмологии). В 1882 году Рисаль посетил Мадрид, где учился в Медицинском университете Комплутенсе. Также он посещал лекции по медицине в Сорбонне и Гейдельбергском университете. Находясь в Европе, Рисаль начал заниматься литературной деятельностью — он писал стихотворения и романы.
Хосе Рисаль был не только ученым, полиглотом, писателем, поэтом, художником и скульптором, но и пламенным идеологом возрождения народов Юго-Восточной Азии. За это его прозвали «гордостью малайской расы». Он был членом Движения за просвещение и организации «Солидарность».
В 1892 году Рисаля обвинил в революционной деятельности и выслали на остров Минданао. Но на самом деле он в организации Филиппинской революции участия не принимал, а даже, наоборот, осуждал ее. Тем не менее члены «Капитунана» назначили его своим почетным президентом.
Рисаль считал восстание преждевременным и самоубийственным и в 1896 году решил покинуть Минданао. Он предложил испанским властям отправить его на службу в качестве врача на Кубу и получил соответствующее разрешение от генерал-губернатора Рамона Бланко. Однако в пути его арестовали.
Его отправили обратно в Манилу для суда. Ему предъявили обвинения в восстании, мятеже и заговоре. 30 декабря 1896 года Хосе Рисаль был расстрелян по приказу властей. Годовщина казни этого национального героя отмечается в Филиппинах на общенациональном уровне.