Хиссен Хабре родился в 1942 году в Файо Ларже, что ныне на севере Чада. Хотя он происходит из семьи пастуха из народности тубу, Хабре смог получить образование в Парижском университете при помощи французской колониальной администрации. Там он изучал социальные науки.
В 1971 году Хабре вернулся из Франции на родину и начал работать в системе министерства иностранных дел Чада. Тогда в стране была в самом разгаре гражданская война: конфликт возник между группировками Фронта национального освобождения Чада (ФРОЛИНА/ФРОЛИНАТ), которые защищали интересы мусульманского севера страны, и группировками Национального фронта Чада, выступавшего против режима президента Франсуа Томбалбай.
В ходе гражданской войны президент Томбалбай хотел использовать Хиссена Хабре для переговоров с лидерами ФРОЛИНАТ, однако тот вместо этого сам перешел в ряды повстанцев, после чего в 1972-1976 гг. был руководителем вооруженных сил ФРОЛИНА на севере.
Когда в соседней с Чадом Ливии в 1969 году к власти пришел Муаммар Каддафи, в рядах повстанцев произошел раскол: один из лидеров ФРОЛИНА Гукуни Уэддей поддерживал Ливию в ее претензиях на богатую нефтью и ураном полосу Ауза на границе с Чадом, в то время как Хиссен Хабре был против притязаний Триполи на эту полосу.
В итоге, когда в апреле 1975 года в Чаде произошел военный переворот и после убийства президента Томбалбая главой страны стал Феликс Маллум, Хабре разорвал все отношения с Уэддеем и армией ФРОЛИНА и перешел на сторону Маллума. И 29 августа 1978 года он стал премьер-министром Чада.
Таким образом, Хиссен Хабре был правителем Чада в разные годы: сначала он с 1978 по 1979 год был премьер-министром, а затем с 1982 по 1990 год — президентом. Во время своего правления Хабре отличался большой жестокостью, нарушением основных прав и свобод людей, за что получил в мире прозвище «африканского Пиночета».
В 1990 году в Чаде был совершен государственный переворот. В результате этого переворота Хабре был свергнут, а к власти пришел Идрис Деби — глава Патриотического движения спасения. Это историческое событие послужило основой для учреждения праздника свободы и демократии в Чаде, отмечаемого ныне по всей стране.