Дата профессионального праздника кыргызских таможенников была выбрана в честь годовщины выхода указа «Об образовании Государственной таможенной инспекции Республики Кыргызстан» 31 декабря 1991 года. Этот указ положил начало современной таможенной политике в Республике Кыргызстан.
В соответствии с этим указом новосозданной таможенной инспекции подчинялись все таможенные учреждения, расположенные на тот момент на территории республики, при этом инспекция объявлялась центральным органом госуправления таможенным делом в КР. Главой таможни страны становился генеральный директор, которого должен назначать на должность и освобождать от нее непосредственно президент страны.
За годы с момента основания государственная таможенная служба Кыргызстана не раз подвергалась изменениям. Например, в 1993 году она была передана в управление министерства финансов страны, а в 1996 году управление было возвращено правительству. Далее в 1998 году служба была переименована в Государственный таможенный комитет Кыргызской Республики, а в 1998 году деятельность этого комитета была вновь передана в ведение минфина.
Следующие изменения в статусе и структуре кыргызской таможни произошли, когда в 2002 году по указу президента на базе государственной налоговой инспекции и государственного таможенного комитета был создан Комитет по доходам при Министерстве финансов Кыргызской Республики. Соответственно, в этом комитете были созданы 2 департамента — налоговой и таможенной службы.
Далее в 2005 году в стране вновь таможенное дело перешло под юрисдикцию правительства, а Департамент таможенной службы был преобразован в Государственную таможенную инспекцию при Правительстве Кыргызской Республики. Спустя 2 года инспекция была преобразована в комитет, а еще через 2 года — в таможенную службу. И ныне главным таможенным органом в стране является Государственная таможенная служба Кыргызской Республики.
В структуру этой службы входят государственное предприятие таможенной инфраструктуры, центральный аппарат и представительство при правительстве КР. В подчинении у центрального аппарата находятся железнодорожная таможня «Северная», таможня «Манас», Северо-Восточная таможня и таможня обеспечения, отдельно выделяются оперативная таможня и таможня «Нарын», таможня «Баткен», Юго-Западная таможня и учебно-специализированная таможня.
В настоящее время День работников таможенной службы Кыргызстана отмечается обычно таможенниками в кругу коллег и близких. Нередко к празднику приурочиваются церемонии вручения наград или знаков отличия отличившимся сотрудникам.