Современная Киргизская Республика была образована 31 августа 1991 года. До этого с 1918 года она входила в состав СССР, а со второй половины XIX века по 1917 год — в состав Российской империи. В результате становление уголовно-исполнительной системы Кыргызстана неразрывно связано с формированием уголовно-исполнительной системы России и Советского Союза.
После распада СССР существовавшая пенитенциарная система Киргизии, построенная по советскому образцу, утратила актуальность. В итоге 12 августа 2003 года был принят Закон Кыргызской Республики № 197 «Об органах и учреждениях уголовно-исполнительной (пенитенциарной) системы», который определил основы деятельности органов и учреждений, осуществляющих в соответствии с законодательством Кыргызской Республики исполнение уголовных наказаний, содержание под стражей лиц, совершивших преступления, статус уголовно-исполнительной системы, а также правовое положение персонала пенитенциарной службы.
В частности этот закон установил, какие задачи должна выполнять уголовно-исполнительная система государства. В число таких задач вошло, к примеру, обеспечение правопорядка, законности и безопасности осужденных лиц, находящихся в учреждениях уголовно-исполнительной системы, и лиц, заключенных под стражу; исполнение наказаний, которые не связаны с лишением свободы; обеспечение охраны здоровья осужденных; осуществление оперативно-розыскной деятельности, а также содействие в раскрытии и профилактике преступлений.
Структура уголовно-исполнительной (пенитенциарной) системы Киргизии включает в себя учреждения уголовно-исполнительной системы, уголовно-исполнительные инспекции, следственные изоляторы, а также подразделения Департамента по охране исправительных учреждений и конвоированию осужденных и лиц, заключенных под стражу. При этом по решению правительства страны в пенитенциарную систему могут входить также предприятия, которые специально созданы для обеспечения деятельности уголовно-исполнительной системы, к примеру, лечебные, учебные или иные.
День сотрудника уголовно-исполнительной системы Кыргызстана был установлен на 12 августа в честь дня подписания закона «Об органах и учреждениях уголовно-исполнительной (пенитенциарной) системы» и не является нерабочим днем, но празднуется среди специалистов данной сферы достаточно широко. Обычно в этот день проходят праздничные собрания сотрудников пенитенциарной системы, проводятся церемонии вручения наград и похвальных грамот лучшим сотрудникам и т. д.