29 мая 1992 года, согласно указу президента Киргизии Аскара Акаева, под юрисдикцию Киргизской Республики были взяты соединения и части Среднеазиатского военного округа Советской Армии, которые дислоцировались на ее территории. Этот день можно считать точкой отсчета в создании собственных вооруженных сил в Кыргызстане.
За время своего существования армия Кыргызстана успела принять участие в Баткенских событиях 1999 года, гражданской войне в Таджикистане в 1992—1997 гг., межэтническом конфликте в 2010 году. ВС Кыргызстана с 1992 года входят в Организацию Договора о коллективной безопасности, а с 2001 года страна является членом Шанхайской организации сотрудничества.
Сначала ВС Кыргызской Республики подчинялись Министерству обороны, но с 2016 года функции Минобороны в государстве осуществляет Государственный комитет по делам обороны Киргизской Республики. Управляет вооруженными силами страны Генеральный штаб ВС КР, созданный в феврале 2014 года.
В структуру Вооруженных сил Киргизии входят сухопутные войска, силы воздушной обороны, пограничная служба. Все вооруженные силы подразделяются на Северную и Юго-Западную группы войск. Отдельно выделяются подразделения специального назначения.
Численность ВС КР составляет около 15 тысяч человек (не считая служащих внутренних войск МВД и других военизированных структур), причем около 70-75% личного состава — контрактники. Срок срочной службы в Киргизиии составляет с 2006 года 12 месяцев. Девиз — «Долг, Честь, Отечество». Главнокомандующим Вооруженных сил является президент страны.
В День ВС Кыргызстана в стране проводятся праздничные мероприятия. Например, в столице страны Бишкеке ежегодно проводится парад с демонстрацией военной техники и мастерства военнослужащих. Кроме того, в рамках торжеств проходят концерты, выступления политиков, народные гуляния.