Этот праздник был установлен 16 ноября 2006 года. Датой для проведения этого профессионального праздника было выбрано 12 февраля, так как в этот день в 2004 году парламент Кыргызстана принял закон «Об органе Кыргызской Республики по контролю наркотиков».
Этот закон определил место и роль данного органа в системе исполнительной власти государства. В нем установлены основные права, задачи и ответственность, гарантии социальной и правовой защиты, порядок материально-технического обеспечения и финансирования. Также одна из статей этого закона предписывала ежегодно в день принятия парламентом данного закона отмечать соответствующий профессиональный праздник.
Впервые День сотрудника органа по контролю наркотиков отмечали в 2007 году. Одна из традиций праздника — поощрение и награждение наиболее отличившихся сотрудников этого подразделения.
В 2012 году вышло постановление, согласно которому дата этого профессионального праздника была перенесена на 8 апреля, годовщину создания Государственной комиссии Кыргызской Республики по контролю наркотиков.