Дата 4 июня была выбрана потому, что в этот день в 1884 году был впервые освящен сине-черно-белый флаг Эстонии. Эти цвета были установлены на учредительном собрании первой эстонской национальной студенческой корпорации «Вирония», со временем триколор стал символизировать эстонское национальное достоинство и стремление эстонского народа к независимости.
Синий цвет отражал небо, озера и моря эстонской земли, а также символизировал верность истине и национальным идеям. Черный присутствовал на флаге в качестве цвета земли родины и цвета национального сюртука. Также он отражал все тяготы эстонского народа. А белый цвет призван был символизировать надежду на лучшее будущее и стремление эстонского народа к свету, счастью и свободе.
Первый сине-черно-белый флаг освятил пастор Рудольф Каллас в зале оденпеского прихода 23 мая 1884 года (по новому стилю — 4 июня). Этот день и стал отмечаться как День эстонского флага. Официально флаг был утвержден 21 ноября 1918 года, а 27 июня 1922 года эстонский парламент принял закон о государственном флаге, который окончательно закрепил его описание и правила использования.
Когда в Эстонии в 1940 году в результате Июньского переворота пало правительство Юри Улуотса и была впоследствии провозглашена Эстонская ССР, национальный эстонский флаг был заменен красным советским флагом. Затем во время германской оккупации эстонский флаг ограниченно использовался, а также был поднят на башне Длинный Герман в Таллине рядом с германским военным флагом.
Когда части Красной армии СССР вошли в Таллин, с башни сняли все флаги, а вместо них вывесили флаг СССР. И в следующий раз вновь эстонские национальные цвета на флаге стали использоваться только уже в 1987-1988 годах. А в феврале 1989 года эстонский триколор был вновь поднят на башне Длинный Герман — вместо флага Эстонской ССР. 7 августа 1990 года такое положение было официально закреплено Верховным советом Эстонской ССР.
Когда Эстония официально восстановила свою независимость, в апреле 1993 года был принят новый закон о государственном флаге. А с 1 января 2006 года вступил в силу ныне действующий закон об эстонском флаге. И, согласно этому закону, в стране ныне установлено 13 праздничных дней и знаменательных дат, когда полагается вывешивать на зданиях государственные флаги.
День государственного флага Эстонии — одна из таких дат. Кроме того, эстонский триколор полагается вывешивать в Новый год, в годовщину подписания Тартуского мирного договора, в День независимости, в День родного языка, в День матери, День Европы, День траура, День победы, День восстановления независимости, День отца и День возрождения. Кроме того, вывешиванием национального флага эстонцы приветствуют также дни провозглашения независимости «соседок» Литвы и Латвии.